This notebook is for performing downstream analysis of CYCLOPS. It includes running cosinor regression and assessing differential rhythmicity (two ways for both), calling the enrichR API via python, using fgsea in R, running PSEA, outputing files for making KEGG map diagrams, etc.
This notebook makes use of python via anaconda. Please make sure you install anaconda to proceed:
conda_list()
Select your conda environment of choice, in my case, item 2 from list above:
conda_list()[[2]][2] %>%
use_condaenv(required = TRUE)
print(paste("Using cond env:",conda_list()[[1]][2] ))
[1] "Using cond env: base"
Select the CYCLOPS ordering path and path to data file and path to DEseq2 differential expression results:
#path to cyclops ordering
path_to_cyclops_ordering = "/Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit/"
#path to normalized counts
path_to_tmm_file = "/Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/tmms/scROSMAP/cogdx_controls/EdgeR_filt_normed/ExcSubtypes3and5_FiltByExprDefault_TMM.csv"
# optional path to file containing differential expression results
deseq_de_filename = "/Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/scROSMAP/simple_differential_expr/Exc3_5/Exc3_5_filtByExpr_combatSeq_edgeR_DE_exactTest.csv"
path_to_rosmap_clin = "~/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/scROSMAP/Meta_data/cleaned_rosmap_meta_cogdxConds.csv"
metabolon_filename = "~/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/scROSMAP/Metabolon/ROSMAP_Metabolon_HD4_Brain514_assay_data.csv"
metabolon_datakey = "~/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/scROSMAP/Metabolon/ROSMAP_Metabolon_HD4_Data_Dictionary.csv"
#BHQ corrected p cutoff to be considered cycling in analysis:
isCyclingBHQCutoff = 0.1
percentile = 0.025
useBatch = T
Run cosinor regression and differential rhythmicity analysis with custom script and with compareRhythms library. I make use of Ensembl and Entrez IDs so I need the following translation dictionaries:
# read in translation dict between gene symbols and other alias
Ensembl_dict = readxl::read_xlsx("scROSMAP_ENSEMBL_dict.xlsx")
#run custom cycling and differential rhythmicity analysis
print("***Running cosinor and differential rhythms analysis***")
[1] "***Running cosinor and differential rhythms analysis***"
run_cycling_and_dr_analysis(path_to_cyclops_ordering, path_to_tmm_file, isCyclingSigCutoff = isCyclingBHQCutoff, percentile = percentile, useBatch = useBatch)
Running is_cycling() on cond_subset: cond_0
NOTE: Using batches in regression.
[>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 1%
[=>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 1%
[=>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 2%
[==>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 2%
[===>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 3%
[====>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 3%
[====>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 4%
[=====>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 4%
[=====>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 5%
[======>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 5%
[=======>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 5%
[=======>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 6%
[========>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 6%
[========>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 7%
[=========>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 7%
[==========>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 8%
[===========>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 8%
[===========>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 9%
[============>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 9%
[============>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 10%
[=============>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 10%
[==============>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 10%
[==============>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 11%
[===============>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 11%
[===============>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 12%
[================>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 12%
[=================>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 13%
[==================>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 13%
[==================>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 14%
[===================>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 14%
[===================>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 15%
[====================>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 15%
[=====================>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 15%
[=====================>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 16%
[======================>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 16%
[======================>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 17%
[=======================>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 17%
[========================>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 18%
[=========================>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 18%
[=========================>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 19%
[==========================>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 19%
[==========================>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 20%
[===========================>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 20%
[============================>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 20%
[============================>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 21%
[=============================>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 21%
[=============================>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 22%
[==============================>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 22%
[===============================>------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 23%
[================================>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------] 23%
[================================>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------] 24%
[=================================>----------------------------------------------------------------------------------------------------------] 24%
[=================================>----------------------------------------------------------------------------------------------------------] 25%
[==================================>---------------------------------------------------------------------------------------------------------] 25%
[===================================>--------------------------------------------------------------------------------------------------------] 25%
[===================================>--------------------------------------------------------------------------------------------------------] 26%
[====================================>-------------------------------------------------------------------------------------------------------] 26%
[====================================>-------------------------------------------------------------------------------------------------------] 27%
[=====================================>------------------------------------------------------------------------------------------------------] 27%
[======================================>-----------------------------------------------------------------------------------------------------] 28%
[=======================================>----------------------------------------------------------------------------------------------------] 28%
[=======================================>----------------------------------------------------------------------------------------------------] 29%
[========================================>---------------------------------------------------------------------------------------------------] 29%
[========================================>---------------------------------------------------------------------------------------------------] 30%
[=========================================>--------------------------------------------------------------------------------------------------] 30%
[==========================================>-------------------------------------------------------------------------------------------------] 30%
[==========================================>-------------------------------------------------------------------------------------------------] 31%
[===========================================>------------------------------------------------------------------------------------------------] 31%
[===========================================>------------------------------------------------------------------------------------------------] 32%
[============================================>-----------------------------------------------------------------------------------------------] 32%
[=============================================>----------------------------------------------------------------------------------------------] 33%
[==============================================>---------------------------------------------------------------------------------------------] 33%
[==============================================>---------------------------------------------------------------------------------------------] 34%
[===============================================>--------------------------------------------------------------------------------------------] 34%
[===============================================>--------------------------------------------------------------------------------------------] 35%
[================================================>-------------------------------------------------------------------------------------------] 35%
[=================================================>------------------------------------------------------------------------------------------] 35%
[=================================================>------------------------------------------------------------------------------------------] 36%
[==================================================>-----------------------------------------------------------------------------------------] 36%
[==================================================>-----------------------------------------------------------------------------------------] 37%
[===================================================>----------------------------------------------------------------------------------------] 37%
[====================================================>---------------------------------------------------------------------------------------] 38%
[=====================================================>--------------------------------------------------------------------------------------] 38%
[=====================================================>--------------------------------------------------------------------------------------] 39%
[======================================================>-------------------------------------------------------------------------------------] 39%
[======================================================>-------------------------------------------------------------------------------------] 40%
[=======================================================>------------------------------------------------------------------------------------] 40%
[========================================================>-----------------------------------------------------------------------------------] 40%
[========================================================>-----------------------------------------------------------------------------------] 41%
[=========================================================>----------------------------------------------------------------------------------] 41%
[=========================================================>----------------------------------------------------------------------------------] 42%
[==========================================================>---------------------------------------------------------------------------------] 42%
[===========================================================>--------------------------------------------------------------------------------] 43%
[============================================================>-------------------------------------------------------------------------------] 43%
[============================================================>-------------------------------------------------------------------------------] 44%
[=============================================================>------------------------------------------------------------------------------] 44%
[=============================================================>------------------------------------------------------------------------------] 45%
[==============================================================>-----------------------------------------------------------------------------] 45%
[===============================================================>----------------------------------------------------------------------------] 45%
[===============================================================>----------------------------------------------------------------------------] 46%
[================================================================>---------------------------------------------------------------------------] 46%
[================================================================>---------------------------------------------------------------------------] 47%
[=================================================================>--------------------------------------------------------------------------] 47%
[==================================================================>-------------------------------------------------------------------------] 48%
[===================================================================>------------------------------------------------------------------------] 48%
[===================================================================>------------------------------------------------------------------------] 49%
[====================================================================>-----------------------------------------------------------------------] 49%
[====================================================================>-----------------------------------------------------------------------] 50%
[=====================================================================>----------------------------------------------------------------------] 50%
[======================================================================>---------------------------------------------------------------------] 50%
[======================================================================>---------------------------------------------------------------------] 51%
[=======================================================================>--------------------------------------------------------------------] 51%
[=======================================================================>--------------------------------------------------------------------] 52%
[========================================================================>-------------------------------------------------------------------] 52%
[=========================================================================>------------------------------------------------------------------] 53%
[==========================================================================>-----------------------------------------------------------------] 53%
[==========================================================================>-----------------------------------------------------------------] 54%
[===========================================================================>----------------------------------------------------------------] 54%
[===========================================================================>----------------------------------------------------------------] 55%
[============================================================================>---------------------------------------------------------------] 55%
[=============================================================================>--------------------------------------------------------------] 55%
[=============================================================================>--------------------------------------------------------------] 56%
[==============================================================================>-------------------------------------------------------------] 56%
[==============================================================================>-------------------------------------------------------------] 57%
[===============================================================================>------------------------------------------------------------] 57%
[================================================================================>-----------------------------------------------------------] 58%
[=================================================================================>----------------------------------------------------------] 58%
[=================================================================================>----------------------------------------------------------] 59%
[==================================================================================>---------------------------------------------------------] 59%
[==================================================================================>---------------------------------------------------------] 60%
[===================================================================================>--------------------------------------------------------] 60%
[====================================================================================>-------------------------------------------------------] 60%
[====================================================================================>-------------------------------------------------------] 61%
[=====================================================================================>------------------------------------------------------] 61%
[=====================================================================================>------------------------------------------------------] 62%
[======================================================================================>-----------------------------------------------------] 62%
[=======================================================================================>----------------------------------------------------] 63%
[========================================================================================>---------------------------------------------------] 63%
[========================================================================================>---------------------------------------------------] 64%
[=========================================================================================>--------------------------------------------------] 64%
[=========================================================================================>--------------------------------------------------] 65%
[==========================================================================================>-------------------------------------------------] 65%
[===========================================================================================>------------------------------------------------] 65%
[===========================================================================================>------------------------------------------------] 66%
[============================================================================================>-----------------------------------------------] 66%
[============================================================================================>-----------------------------------------------] 67%
[=============================================================================================>----------------------------------------------] 67%
[==============================================================================================>---------------------------------------------] 68%
[===============================================================================================>--------------------------------------------] 68%
[===============================================================================================>--------------------------------------------] 69%
[================================================================================================>-------------------------------------------] 69%
[================================================================================================>-------------------------------------------] 70%
[=================================================================================================>------------------------------------------] 70%
[==================================================================================================>-----------------------------------------] 70%
[==================================================================================================>-----------------------------------------] 71%
[===================================================================================================>----------------------------------------] 71%
[===================================================================================================>----------------------------------------] 72%
[====================================================================================================>---------------------------------------] 72%
[=====================================================================================================>--------------------------------------] 73%
[======================================================================================================>-------------------------------------] 73%
[======================================================================================================>-------------------------------------] 74%
[=======================================================================================================>------------------------------------] 74%
[=======================================================================================================>------------------------------------] 75%
[========================================================================================================>-----------------------------------] 75%
[=========================================================================================================>----------------------------------] 75%
[=========================================================================================================>----------------------------------] 76%
[==========================================================================================================>---------------------------------] 76%
[==========================================================================================================>---------------------------------] 77%
[===========================================================================================================>--------------------------------] 77%
[============================================================================================================>-------------------------------] 78%
[=============================================================================================================>------------------------------] 78%
[=============================================================================================================>------------------------------] 79%
[==============================================================================================================>-----------------------------] 79%
[==============================================================================================================>-----------------------------] 80%
[===============================================================================================================>----------------------------] 80%
[================================================================================================================>---------------------------] 80%
[================================================================================================================>---------------------------] 81%
[=================================================================================================================>--------------------------] 81%
[=================================================================================================================>--------------------------] 82%
[==================================================================================================================>-------------------------] 82%
[===================================================================================================================>------------------------] 83%
[====================================================================================================================>-----------------------] 83%
[====================================================================================================================>-----------------------] 84%
[=====================================================================================================================>----------------------] 84%
[=====================================================================================================================>----------------------] 85%
[======================================================================================================================>---------------------] 85%
[=======================================================================================================================>--------------------] 85%
[=======================================================================================================================>--------------------] 86%
[========================================================================================================================>-------------------] 86%
[========================================================================================================================>-------------------] 87%
[=========================================================================================================================>------------------] 87%
[==========================================================================================================================>-----------------] 88%
[===========================================================================================================================>----------------] 88%
[===========================================================================================================================>----------------] 89%
[============================================================================================================================>---------------] 89%
[============================================================================================================================>---------------] 90%
[=============================================================================================================================>--------------] 90%
[==============================================================================================================================>-------------] 90%
[==============================================================================================================================>-------------] 91%
[===============================================================================================================================>------------] 91%
[===============================================================================================================================>------------] 92%
[================================================================================================================================>-----------] 92%
[=================================================================================================================================>----------] 93%
[==================================================================================================================================>---------] 93%
[==================================================================================================================================>---------] 94%
[===================================================================================================================================>--------] 94%
[===================================================================================================================================>--------] 95%
[====================================================================================================================================>-------] 95%
[=====================================================================================================================================>------] 95%
[=====================================================================================================================================>------] 96%
[======================================================================================================================================>-----] 96%
[======================================================================================================================================>-----] 97%
[=======================================================================================================================================>----] 97%
[========================================================================================================================================>---] 98%
[=========================================================================================================================================>--] 98%
[=========================================================================================================================================>--] 99%
[==========================================================================================================================================>-] 99%
[==========================================================================================================================================>-] 100%
[===========================================================================================================================================>] 100%
Running is_cycling() on cond_subset: cond_1
NOTE: Using batches in regression.
[>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 1%
[=>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 1%
[=>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 2%
[==>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 2%
[===>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 3%
[====>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 3%
[====>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 4%
[=====>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 4%
[=====>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 5%
[======>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 5%
[=======>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 5%
[=======>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 6%
[========>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 6%
[========>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 7%
[=========>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 7%
[==========>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 8%
[===========>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 8%
[===========>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 9%
[============>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 9%
[============>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 10%
[=============>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 10%
[==============>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 10%
[==============>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 11%
[===============>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 11%
[===============>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 12%
[================>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 12%
[=================>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 13%
[==================>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 13%
[==================>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 14%
[===================>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 14%
[===================>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 15%
[====================>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 15%
[=====================>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 15%
[=====================>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 16%
[======================>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 16%
[======================>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 17%
[=======================>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 17%
[========================>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 18%
[=========================>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 18%
[=========================>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 19%
[==========================>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 19%
[==========================>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 20%
[===========================>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 20%
[============================>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 20%
[============================>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 21%
[=============================>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 21%
[=============================>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 22%
[==============================>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 22%
[===============================>------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 23%
[================================>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------] 23%
[================================>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------] 24%
[=================================>----------------------------------------------------------------------------------------------------------] 24%
[=================================>----------------------------------------------------------------------------------------------------------] 25%
[==================================>---------------------------------------------------------------------------------------------------------] 25%
[===================================>--------------------------------------------------------------------------------------------------------] 25%
[===================================>--------------------------------------------------------------------------------------------------------] 26%
[====================================>-------------------------------------------------------------------------------------------------------] 26%
[====================================>-------------------------------------------------------------------------------------------------------] 27%
[=====================================>------------------------------------------------------------------------------------------------------] 27%
[======================================>-----------------------------------------------------------------------------------------------------] 28%
[=======================================>----------------------------------------------------------------------------------------------------] 28%
[=======================================>----------------------------------------------------------------------------------------------------] 29%
[========================================>---------------------------------------------------------------------------------------------------] 29%
[========================================>---------------------------------------------------------------------------------------------------] 30%
[=========================================>--------------------------------------------------------------------------------------------------] 30%
[==========================================>-------------------------------------------------------------------------------------------------] 30%
[==========================================>-------------------------------------------------------------------------------------------------] 31%
[===========================================>------------------------------------------------------------------------------------------------] 31%
[===========================================>------------------------------------------------------------------------------------------------] 32%
[============================================>-----------------------------------------------------------------------------------------------] 32%
[=============================================>----------------------------------------------------------------------------------------------] 33%
[==============================================>---------------------------------------------------------------------------------------------] 33%
[==============================================>---------------------------------------------------------------------------------------------] 34%
[===============================================>--------------------------------------------------------------------------------------------] 34%
[===============================================>--------------------------------------------------------------------------------------------] 35%
[================================================>-------------------------------------------------------------------------------------------] 35%
[=================================================>------------------------------------------------------------------------------------------] 35%
[=================================================>------------------------------------------------------------------------------------------] 36%
[==================================================>-----------------------------------------------------------------------------------------] 36%
[==================================================>-----------------------------------------------------------------------------------------] 37%
[===================================================>----------------------------------------------------------------------------------------] 37%
[====================================================>---------------------------------------------------------------------------------------] 38%
[=====================================================>--------------------------------------------------------------------------------------] 38%
[=====================================================>--------------------------------------------------------------------------------------] 39%
[======================================================>-------------------------------------------------------------------------------------] 39%
[======================================================>-------------------------------------------------------------------------------------] 40%
[=======================================================>------------------------------------------------------------------------------------] 40%
[========================================================>-----------------------------------------------------------------------------------] 40%
[========================================================>-----------------------------------------------------------------------------------] 41%
[=========================================================>----------------------------------------------------------------------------------] 41%
[=========================================================>----------------------------------------------------------------------------------] 42%
[==========================================================>---------------------------------------------------------------------------------] 42%
[===========================================================>--------------------------------------------------------------------------------] 43%
[============================================================>-------------------------------------------------------------------------------] 43%
[============================================================>-------------------------------------------------------------------------------] 44%
[=============================================================>------------------------------------------------------------------------------] 44%
[=============================================================>------------------------------------------------------------------------------] 45%
[==============================================================>-----------------------------------------------------------------------------] 45%
[===============================================================>----------------------------------------------------------------------------] 45%
[===============================================================>----------------------------------------------------------------------------] 46%
[================================================================>---------------------------------------------------------------------------] 46%
[================================================================>---------------------------------------------------------------------------] 47%
[=================================================================>--------------------------------------------------------------------------] 47%
[==================================================================>-------------------------------------------------------------------------] 48%
[===================================================================>------------------------------------------------------------------------] 48%
[===================================================================>------------------------------------------------------------------------] 49%
[====================================================================>-----------------------------------------------------------------------] 49%
[====================================================================>-----------------------------------------------------------------------] 50%
[=====================================================================>----------------------------------------------------------------------] 50%
[======================================================================>---------------------------------------------------------------------] 50%
[======================================================================>---------------------------------------------------------------------] 51%
[=======================================================================>--------------------------------------------------------------------] 51%
[=======================================================================>--------------------------------------------------------------------] 52%
[========================================================================>-------------------------------------------------------------------] 52%
[=========================================================================>------------------------------------------------------------------] 53%
[==========================================================================>-----------------------------------------------------------------] 53%
[==========================================================================>-----------------------------------------------------------------] 54%
[===========================================================================>----------------------------------------------------------------] 54%
[===========================================================================>----------------------------------------------------------------] 55%
[============================================================================>---------------------------------------------------------------] 55%
[=============================================================================>--------------------------------------------------------------] 55%
[=============================================================================>--------------------------------------------------------------] 56%
[==============================================================================>-------------------------------------------------------------] 56%
[==============================================================================>-------------------------------------------------------------] 57%
[===============================================================================>------------------------------------------------------------] 57%
[================================================================================>-----------------------------------------------------------] 58%
[=================================================================================>----------------------------------------------------------] 58%
[=================================================================================>----------------------------------------------------------] 59%
[==================================================================================>---------------------------------------------------------] 59%
[==================================================================================>---------------------------------------------------------] 60%
[===================================================================================>--------------------------------------------------------] 60%
[====================================================================================>-------------------------------------------------------] 60%
[====================================================================================>-------------------------------------------------------] 61%
[=====================================================================================>------------------------------------------------------] 61%
[=====================================================================================>------------------------------------------------------] 62%
[======================================================================================>-----------------------------------------------------] 62%
[=======================================================================================>----------------------------------------------------] 63%
[========================================================================================>---------------------------------------------------] 63%
[========================================================================================>---------------------------------------------------] 64%
[=========================================================================================>--------------------------------------------------] 64%
[=========================================================================================>--------------------------------------------------] 65%
[==========================================================================================>-------------------------------------------------] 65%
[===========================================================================================>------------------------------------------------] 65%
[===========================================================================================>------------------------------------------------] 66%
[============================================================================================>-----------------------------------------------] 66%
[============================================================================================>-----------------------------------------------] 67%
[=============================================================================================>----------------------------------------------] 67%
[==============================================================================================>---------------------------------------------] 68%
[===============================================================================================>--------------------------------------------] 68%
[===============================================================================================>--------------------------------------------] 69%
[================================================================================================>-------------------------------------------] 69%
[================================================================================================>-------------------------------------------] 70%
[=================================================================================================>------------------------------------------] 70%
[==================================================================================================>-----------------------------------------] 70%
[==================================================================================================>-----------------------------------------] 71%
[===================================================================================================>----------------------------------------] 71%
[===================================================================================================>----------------------------------------] 72%
[====================================================================================================>---------------------------------------] 72%
[=====================================================================================================>--------------------------------------] 73%
[======================================================================================================>-------------------------------------] 73%
[======================================================================================================>-------------------------------------] 74%
[=======================================================================================================>------------------------------------] 74%
[=======================================================================================================>------------------------------------] 75%
[========================================================================================================>-----------------------------------] 75%
[=========================================================================================================>----------------------------------] 75%
[=========================================================================================================>----------------------------------] 76%
[==========================================================================================================>---------------------------------] 76%
[==========================================================================================================>---------------------------------] 77%
[===========================================================================================================>--------------------------------] 77%
[============================================================================================================>-------------------------------] 78%
[=============================================================================================================>------------------------------] 78%
[=============================================================================================================>------------------------------] 79%
[==============================================================================================================>-----------------------------] 79%
[==============================================================================================================>-----------------------------] 80%
[===============================================================================================================>----------------------------] 80%
[================================================================================================================>---------------------------] 80%
[================================================================================================================>---------------------------] 81%
[=================================================================================================================>--------------------------] 81%
[=================================================================================================================>--------------------------] 82%
[==================================================================================================================>-------------------------] 82%
[===================================================================================================================>------------------------] 83%
[====================================================================================================================>-----------------------] 83%
[====================================================================================================================>-----------------------] 84%
[=====================================================================================================================>----------------------] 84%
[=====================================================================================================================>----------------------] 85%
[======================================================================================================================>---------------------] 85%
[=======================================================================================================================>--------------------] 85%
[=======================================================================================================================>--------------------] 86%
[========================================================================================================================>-------------------] 86%
[========================================================================================================================>-------------------] 87%
[=========================================================================================================================>------------------] 87%
[==========================================================================================================================>-----------------] 88%
[===========================================================================================================================>----------------] 88%
[===========================================================================================================================>----------------] 89%
[============================================================================================================================>---------------] 89%
[============================================================================================================================>---------------] 90%
[=============================================================================================================================>--------------] 90%
[==============================================================================================================================>-------------] 90%
[==============================================================================================================================>-------------] 91%
[===============================================================================================================================>------------] 91%
[===============================================================================================================================>------------] 92%
[================================================================================================================================>-----------] 92%
[=================================================================================================================================>----------] 93%
[==================================================================================================================================>---------] 93%
[==================================================================================================================================>---------] 94%
[===================================================================================================================================>--------] 94%
[===================================================================================================================================>--------] 95%
[====================================================================================================================================>-------] 95%
[=====================================================================================================================================>------] 95%
[=====================================================================================================================================>------] 96%
[======================================================================================================================================>-----] 96%
[======================================================================================================================================>-----] 97%
[=======================================================================================================================================>----] 97%
[========================================================================================================================================>---] 98%
[=========================================================================================================================================>--] 98%
[=========================================================================================================================================>--] 99%
[==========================================================================================================================================>-] 99%
[==========================================================================================================================================>-] 100%
[===========================================================================================================================================>] 100%
Running is_cycling_method2() (analogue of compareRhythms) on all subjects
NOTE: Using batches in regression.
[--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 0%
[>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 0%
[>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 1%
[=>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 1%
[=>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 2%
[==>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 2%
[===>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 3%
[====>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 3%
[====>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 4%
[=====>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 4%
[=====>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 5%
[======>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 5%
[=======>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 5%
[=======>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 6%
[========>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 6%
[========>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 7%
[=========>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 7%
[==========>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 8%
[===========>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 8%
[===========>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 9%
[============>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 9%
[============>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 10%
[=============>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 10%
[==============>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 10%
[==============>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 11%
[===============>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 11%
[===============>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 12%
[================>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 12%
[=================>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 13%
[==================>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 13%
[==================>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 14%
[===================>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 14%
[===================>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 15%
[====================>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 15%
[=====================>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 15%
[=====================>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 16%
[======================>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 16%
[======================>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 17%
[=======================>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 17%
[========================>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 18%
[=========================>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 18%
[=========================>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 19%
[==========================>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 19%
[==========================>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 20%
[===========================>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 20%
[============================>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 20%
[============================>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 21%
[=============================>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 21%
[=============================>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 22%
[==============================>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 22%
[===============================>------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 23%
[================================>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------] 23%
[================================>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------] 24%
[=================================>----------------------------------------------------------------------------------------------------------] 24%
[=================================>----------------------------------------------------------------------------------------------------------] 25%
[==================================>---------------------------------------------------------------------------------------------------------] 25%
[===================================>--------------------------------------------------------------------------------------------------------] 25%
[===================================>--------------------------------------------------------------------------------------------------------] 26%
[====================================>-------------------------------------------------------------------------------------------------------] 26%
[====================================>-------------------------------------------------------------------------------------------------------] 27%
[=====================================>------------------------------------------------------------------------------------------------------] 27%
[======================================>-----------------------------------------------------------------------------------------------------] 28%
[=======================================>----------------------------------------------------------------------------------------------------] 28%
[=======================================>----------------------------------------------------------------------------------------------------] 29%
[========================================>---------------------------------------------------------------------------------------------------] 29%
[========================================>---------------------------------------------------------------------------------------------------] 30%
[=========================================>--------------------------------------------------------------------------------------------------] 30%
[==========================================>-------------------------------------------------------------------------------------------------] 30%
[==========================================>-------------------------------------------------------------------------------------------------] 31%
[===========================================>------------------------------------------------------------------------------------------------] 31%
[===========================================>------------------------------------------------------------------------------------------------] 32%
[============================================>-----------------------------------------------------------------------------------------------] 32%
[=============================================>----------------------------------------------------------------------------------------------] 33%
[==============================================>---------------------------------------------------------------------------------------------] 33%
[==============================================>---------------------------------------------------------------------------------------------] 34%
[===============================================>--------------------------------------------------------------------------------------------] 34%
[===============================================>--------------------------------------------------------------------------------------------] 35%
[================================================>-------------------------------------------------------------------------------------------] 35%
[=================================================>------------------------------------------------------------------------------------------] 35%
[=================================================>------------------------------------------------------------------------------------------] 36%
[==================================================>-----------------------------------------------------------------------------------------] 36%
[==================================================>-----------------------------------------------------------------------------------------] 37%
[===================================================>----------------------------------------------------------------------------------------] 37%
[====================================================>---------------------------------------------------------------------------------------] 38%
[=====================================================>--------------------------------------------------------------------------------------] 38%
[=====================================================>--------------------------------------------------------------------------------------] 39%
[======================================================>-------------------------------------------------------------------------------------] 39%
[======================================================>-------------------------------------------------------------------------------------] 40%
[=======================================================>------------------------------------------------------------------------------------] 40%
[========================================================>-----------------------------------------------------------------------------------] 40%
[========================================================>-----------------------------------------------------------------------------------] 41%
[=========================================================>----------------------------------------------------------------------------------] 41%
[=========================================================>----------------------------------------------------------------------------------] 42%
[==========================================================>---------------------------------------------------------------------------------] 42%
[===========================================================>--------------------------------------------------------------------------------] 43%
[============================================================>-------------------------------------------------------------------------------] 43%
[============================================================>-------------------------------------------------------------------------------] 44%
[=============================================================>------------------------------------------------------------------------------] 44%
[=============================================================>------------------------------------------------------------------------------] 45%
[==============================================================>-----------------------------------------------------------------------------] 45%
[===============================================================>----------------------------------------------------------------------------] 45%
[===============================================================>----------------------------------------------------------------------------] 46%
[================================================================>---------------------------------------------------------------------------] 46%
[================================================================>---------------------------------------------------------------------------] 47%
[=================================================================>--------------------------------------------------------------------------] 47%
[==================================================================>-------------------------------------------------------------------------] 48%
[===================================================================>------------------------------------------------------------------------] 48%
[===================================================================>------------------------------------------------------------------------] 49%
[====================================================================>-----------------------------------------------------------------------] 49%
[====================================================================>-----------------------------------------------------------------------] 50%
[=====================================================================>----------------------------------------------------------------------] 50%
[======================================================================>---------------------------------------------------------------------] 50%
[======================================================================>---------------------------------------------------------------------] 51%
[=======================================================================>--------------------------------------------------------------------] 51%
[=======================================================================>--------------------------------------------------------------------] 52%
[========================================================================>-------------------------------------------------------------------] 52%
[=========================================================================>------------------------------------------------------------------] 53%
[==========================================================================>-----------------------------------------------------------------] 53%
[==========================================================================>-----------------------------------------------------------------] 54%
[===========================================================================>----------------------------------------------------------------] 54%
[===========================================================================>----------------------------------------------------------------] 55%
[============================================================================>---------------------------------------------------------------] 55%
[=============================================================================>--------------------------------------------------------------] 55%
[=============================================================================>--------------------------------------------------------------] 56%
[==============================================================================>-------------------------------------------------------------] 56%
[==============================================================================>-------------------------------------------------------------] 57%
[===============================================================================>------------------------------------------------------------] 57%
[================================================================================>-----------------------------------------------------------] 58%
[=================================================================================>----------------------------------------------------------] 58%
[=================================================================================>----------------------------------------------------------] 59%
[==================================================================================>---------------------------------------------------------] 59%
[==================================================================================>---------------------------------------------------------] 60%
[===================================================================================>--------------------------------------------------------] 60%
[====================================================================================>-------------------------------------------------------] 60%
[====================================================================================>-------------------------------------------------------] 61%
[=====================================================================================>------------------------------------------------------] 61%
[=====================================================================================>------------------------------------------------------] 62%
[======================================================================================>-----------------------------------------------------] 62%
[=======================================================================================>----------------------------------------------------] 63%
[========================================================================================>---------------------------------------------------] 63%
[========================================================================================>---------------------------------------------------] 64%
[=========================================================================================>--------------------------------------------------] 64%
[=========================================================================================>--------------------------------------------------] 65%
[==========================================================================================>-------------------------------------------------] 65%
[===========================================================================================>------------------------------------------------] 65%
[===========================================================================================>------------------------------------------------] 66%
[============================================================================================>-----------------------------------------------] 66%
[============================================================================================>-----------------------------------------------] 67%
[=============================================================================================>----------------------------------------------] 67%
[==============================================================================================>---------------------------------------------] 68%
[===============================================================================================>--------------------------------------------] 68%
[===============================================================================================>--------------------------------------------] 69%
[================================================================================================>-------------------------------------------] 69%
[================================================================================================>-------------------------------------------] 70%
[=================================================================================================>------------------------------------------] 70%
[==================================================================================================>-----------------------------------------] 70%
[==================================================================================================>-----------------------------------------] 71%
[===================================================================================================>----------------------------------------] 71%
[===================================================================================================>----------------------------------------] 72%
[====================================================================================================>---------------------------------------] 72%
[=====================================================================================================>--------------------------------------] 73%
[======================================================================================================>-------------------------------------] 73%
[======================================================================================================>-------------------------------------] 74%
[=======================================================================================================>------------------------------------] 74%
[=======================================================================================================>------------------------------------] 75%
[========================================================================================================>-----------------------------------] 75%
[=========================================================================================================>----------------------------------] 75%
[=========================================================================================================>----------------------------------] 76%
[==========================================================================================================>---------------------------------] 76%
[==========================================================================================================>---------------------------------] 77%
[===========================================================================================================>--------------------------------] 77%
[============================================================================================================>-------------------------------] 78%
[=============================================================================================================>------------------------------] 78%
[=============================================================================================================>------------------------------] 79%
[==============================================================================================================>-----------------------------] 79%
[==============================================================================================================>-----------------------------] 80%
[===============================================================================================================>----------------------------] 80%
[================================================================================================================>---------------------------] 80%
[================================================================================================================>---------------------------] 81%
[=================================================================================================================>--------------------------] 81%
[=================================================================================================================>--------------------------] 82%
[==================================================================================================================>-------------------------] 82%
[===================================================================================================================>------------------------] 83%
[====================================================================================================================>-----------------------] 83%
[====================================================================================================================>-----------------------] 84%
[=====================================================================================================================>----------------------] 84%
[=====================================================================================================================>----------------------] 85%
[======================================================================================================================>---------------------] 85%
[=======================================================================================================================>--------------------] 85%
[=======================================================================================================================>--------------------] 86%
[========================================================================================================================>-------------------] 86%
[========================================================================================================================>-------------------] 87%
[=========================================================================================================================>------------------] 87%
[==========================================================================================================================>-----------------] 88%
[===========================================================================================================================>----------------] 88%
[===========================================================================================================================>----------------] 89%
[============================================================================================================================>---------------] 89%
[============================================================================================================================>---------------] 90%
[=============================================================================================================================>--------------] 90%
[==============================================================================================================================>-------------] 90%
[==============================================================================================================================>-------------] 91%
[===============================================================================================================================>------------] 91%
[===============================================================================================================================>------------] 92%
[================================================================================================================================>-----------] 92%
[=================================================================================================================================>----------] 93%
[==================================================================================================================================>---------] 93%
[==================================================================================================================================>---------] 94%
[===================================================================================================================================>--------] 94%
[===================================================================================================================================>--------] 95%
[====================================================================================================================================>-------] 95%
[=====================================================================================================================================>------] 95%
[=====================================================================================================================================>------] 96%
[======================================================================================================================================>-----] 96%
[======================================================================================================================================>-----] 97%
[=======================================================================================================================================>----] 97%
[========================================================================================================================================>---] 98%
[=========================================================================================================================================>--] 98%
[=========================================================================================================================================>--] 99%
[==========================================================================================================================================>-] 99%
[==========================================================================================================================================>-] 100%
[===========================================================================================================================================>] 100%
Running Mesor_differences()
NOTE: Using batches in regression.
[--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 0%
[>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 0%
[>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 1%
[=>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 1%
[=>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 2%
[==>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 2%
[===>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 3%
[====>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 3%
[====>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 4%
[=====>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 4%
[=====>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 5%
[======>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 5%
[=======>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 5%
[=======>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 6%
[========>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 6%
[========>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 7%
[=========>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 7%
[==========>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 8%
[===========>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 8%
[===========>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 9%
[============>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 9%
[============>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 10%
[=============>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 10%
[==============>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 10%
[==============>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 11%
[===============>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 11%
[===============>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 12%
[================>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 12%
[=================>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 13%
[==================>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 13%
[==================>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 14%
[===================>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 14%
[===================>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 15%
[====================>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 15%
[=====================>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 15%
[=====================>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 16%
[======================>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 16%
[======================>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 17%
[=======================>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 17%
[========================>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 18%
[=========================>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 18%
[=========================>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 19%
[==========================>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 19%
[==========================>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 20%
[===========================>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 20%
[============================>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 20%
[============================>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 21%
[=============================>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 21%
[=============================>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 22%
[==============================>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 22%
[===============================>------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 23%
[================================>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------] 23%
[================================>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------] 24%
[=================================>----------------------------------------------------------------------------------------------------------] 24%
[=================================>----------------------------------------------------------------------------------------------------------] 25%
[==================================>---------------------------------------------------------------------------------------------------------] 25%
[===================================>--------------------------------------------------------------------------------------------------------] 25%
[===================================>--------------------------------------------------------------------------------------------------------] 26%
[====================================>-------------------------------------------------------------------------------------------------------] 26%
[====================================>-------------------------------------------------------------------------------------------------------] 27%
[=====================================>------------------------------------------------------------------------------------------------------] 27%
[======================================>-----------------------------------------------------------------------------------------------------] 28%
[=======================================>----------------------------------------------------------------------------------------------------] 28%
[=======================================>----------------------------------------------------------------------------------------------------] 29%
[========================================>---------------------------------------------------------------------------------------------------] 29%
[========================================>---------------------------------------------------------------------------------------------------] 30%
[=========================================>--------------------------------------------------------------------------------------------------] 30%
[==========================================>-------------------------------------------------------------------------------------------------] 30%
[==========================================>-------------------------------------------------------------------------------------------------] 31%
[===========================================>------------------------------------------------------------------------------------------------] 31%
[===========================================>------------------------------------------------------------------------------------------------] 32%
[============================================>-----------------------------------------------------------------------------------------------] 32%
[=============================================>----------------------------------------------------------------------------------------------] 33%
[==============================================>---------------------------------------------------------------------------------------------] 33%
[==============================================>---------------------------------------------------------------------------------------------] 34%
[===============================================>--------------------------------------------------------------------------------------------] 34%
[===============================================>--------------------------------------------------------------------------------------------] 35%
[================================================>-------------------------------------------------------------------------------------------] 35%
[=================================================>------------------------------------------------------------------------------------------] 35%
[=================================================>------------------------------------------------------------------------------------------] 36%
[==================================================>-----------------------------------------------------------------------------------------] 36%
[==================================================>-----------------------------------------------------------------------------------------] 37%
[===================================================>----------------------------------------------------------------------------------------] 37%
[====================================================>---------------------------------------------------------------------------------------] 38%
[=====================================================>--------------------------------------------------------------------------------------] 38%
[=====================================================>--------------------------------------------------------------------------------------] 39%
[======================================================>-------------------------------------------------------------------------------------] 39%
[======================================================>-------------------------------------------------------------------------------------] 40%
[=======================================================>------------------------------------------------------------------------------------] 40%
[========================================================>-----------------------------------------------------------------------------------] 40%
[========================================================>-----------------------------------------------------------------------------------] 41%
[=========================================================>----------------------------------------------------------------------------------] 41%
[=========================================================>----------------------------------------------------------------------------------] 42%
[==========================================================>---------------------------------------------------------------------------------] 42%
[===========================================================>--------------------------------------------------------------------------------] 43%
[============================================================>-------------------------------------------------------------------------------] 43%
[============================================================>-------------------------------------------------------------------------------] 44%
[=============================================================>------------------------------------------------------------------------------] 44%
[=============================================================>------------------------------------------------------------------------------] 45%
[==============================================================>-----------------------------------------------------------------------------] 45%
[===============================================================>----------------------------------------------------------------------------] 45%
[===============================================================>----------------------------------------------------------------------------] 46%
[================================================================>---------------------------------------------------------------------------] 46%
[================================================================>---------------------------------------------------------------------------] 47%
[=================================================================>--------------------------------------------------------------------------] 47%
[==================================================================>-------------------------------------------------------------------------] 48%
[===================================================================>------------------------------------------------------------------------] 48%
[===================================================================>------------------------------------------------------------------------] 49%
[====================================================================>-----------------------------------------------------------------------] 49%
[====================================================================>-----------------------------------------------------------------------] 50%
[=====================================================================>----------------------------------------------------------------------] 50%
[======================================================================>---------------------------------------------------------------------] 50%
[======================================================================>---------------------------------------------------------------------] 51%
[=======================================================================>--------------------------------------------------------------------] 51%
[=======================================================================>--------------------------------------------------------------------] 52%
[========================================================================>-------------------------------------------------------------------] 52%
[=========================================================================>------------------------------------------------------------------] 53%
[==========================================================================>-----------------------------------------------------------------] 53%
[==========================================================================>-----------------------------------------------------------------] 54%
[===========================================================================>----------------------------------------------------------------] 54%
[===========================================================================>----------------------------------------------------------------] 55%
[============================================================================>---------------------------------------------------------------] 55%
[=============================================================================>--------------------------------------------------------------] 55%
[=============================================================================>--------------------------------------------------------------] 56%
[==============================================================================>-------------------------------------------------------------] 56%
[==============================================================================>-------------------------------------------------------------] 57%
[===============================================================================>------------------------------------------------------------] 57%
[================================================================================>-----------------------------------------------------------] 58%
[=================================================================================>----------------------------------------------------------] 58%
[=================================================================================>----------------------------------------------------------] 59%
[==================================================================================>---------------------------------------------------------] 59%
[==================================================================================>---------------------------------------------------------] 60%
[===================================================================================>--------------------------------------------------------] 60%
[====================================================================================>-------------------------------------------------------] 60%
[====================================================================================>-------------------------------------------------------] 61%
[=====================================================================================>------------------------------------------------------] 61%
[=====================================================================================>------------------------------------------------------] 62%
[======================================================================================>-----------------------------------------------------] 62%
[=======================================================================================>----------------------------------------------------] 63%
[========================================================================================>---------------------------------------------------] 63%
[========================================================================================>---------------------------------------------------] 64%
[=========================================================================================>--------------------------------------------------] 64%
[=========================================================================================>--------------------------------------------------] 65%
[==========================================================================================>-------------------------------------------------] 65%
[===========================================================================================>------------------------------------------------] 65%
[===========================================================================================>------------------------------------------------] 66%
[============================================================================================>-----------------------------------------------] 66%
[============================================================================================>-----------------------------------------------] 67%
[=============================================================================================>----------------------------------------------] 67%
[==============================================================================================>---------------------------------------------] 68%
[===============================================================================================>--------------------------------------------] 68%
[===============================================================================================>--------------------------------------------] 69%
[================================================================================================>-------------------------------------------] 69%
[================================================================================================>-------------------------------------------] 70%
[=================================================================================================>------------------------------------------] 70%
[==================================================================================================>-----------------------------------------] 70%
[==================================================================================================>-----------------------------------------] 71%
[===================================================================================================>----------------------------------------] 71%
[===================================================================================================>----------------------------------------] 72%
[====================================================================================================>---------------------------------------] 72%
[=====================================================================================================>--------------------------------------] 73%
[======================================================================================================>-------------------------------------] 73%
[======================================================================================================>-------------------------------------] 74%
[=======================================================================================================>------------------------------------] 74%
[=======================================================================================================>------------------------------------] 75%
[========================================================================================================>-----------------------------------] 75%
[=========================================================================================================>----------------------------------] 75%
[=========================================================================================================>----------------------------------] 76%
[==========================================================================================================>---------------------------------] 76%
[==========================================================================================================>---------------------------------] 77%
[===========================================================================================================>--------------------------------] 77%
[============================================================================================================>-------------------------------] 78%
[=============================================================================================================>------------------------------] 78%
[=============================================================================================================>------------------------------] 79%
[==============================================================================================================>-----------------------------] 79%
[==============================================================================================================>-----------------------------] 80%
[===============================================================================================================>----------------------------] 80%
[================================================================================================================>---------------------------] 80%
[================================================================================================================>---------------------------] 81%
[=================================================================================================================>--------------------------] 81%
[=================================================================================================================>--------------------------] 82%
[==================================================================================================================>-------------------------] 82%
[===================================================================================================================>------------------------] 83%
[====================================================================================================================>-----------------------] 83%
[====================================================================================================================>-----------------------] 84%
[=====================================================================================================================>----------------------] 84%
[=====================================================================================================================>----------------------] 85%
[======================================================================================================================>---------------------] 85%
[=======================================================================================================================>--------------------] 85%
[=======================================================================================================================>--------------------] 86%
[========================================================================================================================>-------------------] 86%
[========================================================================================================================>-------------------] 87%
[=========================================================================================================================>------------------] 87%
[==========================================================================================================================>-----------------] 88%
[===========================================================================================================================>----------------] 88%
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[============================================================================================================================>---------------] 89%
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[==============================================================================================================================>-------------] 90%
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[===============================================================================================================================>------------] 91%
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[================================================================================================================================>-----------] 92%
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[=====================================================================================================================================>------] 95%
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[=========================================================================================================================================>--] 98%
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[==========================================================================================================================================>-] 99%
[==========================================================================================================================================>-] 100%
[===========================================================================================================================================>] 100%
[============================================================================================================================================] 100%
Running diff_rhyth_AD_severity()
NOTE: Using batches in regression.
Warning: The `x` argument of `as_tibble.matrix()` must have unique column names if `.name_repair` is omitted as of tibble 2.0.0.
Using compatibility `.name_repair`.
Running diff_rhyth() on seedlist of size: 2287
NOTE: Using batches in regression.
[==>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 2%
[===>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 3%
[====>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 3%
[====>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 4%
[=====>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 4%
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[======>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 5%
[=======>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 5%
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[========>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 6%
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[=========>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 7%
[==========>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 8%
[===========>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 8%
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[==================>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 13%
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[========================================================================================>---------------------------------------------------] 63%
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[=========================================================================================>--------------------------------------------------] 64%
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[==========================================================================================>-------------------------------------------------] 65%
[===========================================================================================>------------------------------------------------] 65%
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[================================================================================================>-------------------------------------------] 69%
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[======================================================================================================>-------------------------------------] 73%
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[=======================================================================================================>------------------------------------] 74%
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[===============================================================================================================>----------------------------] 80%
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[===============================================================================================================================>------------] 91%
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[=======================================================================================================================================>----] 97%
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[===========================================================================================================================================>] 100%
[============================================================================================================================================] 100%
Running diff_rhyth() on seedlist of size: 831
NOTE: Using batches in regression.
[=======>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 6%
[========>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 6%
[========>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 7%
[=========>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 7%
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[===========>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 8%
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[=======================>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 17%
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[==================================>---------------------------------------------------------------------------------------------------------] 25%
[===================================>--------------------------------------------------------------------------------------------------------] 25%
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[====================================>-------------------------------------------------------------------------------------------------------] 26%
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[=======================================>----------------------------------------------------------------------------------------------------] 28%
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[========================================>---------------------------------------------------------------------------------------------------] 29%
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[=========================================>--------------------------------------------------------------------------------------------------] 30%
[==========================================>-------------------------------------------------------------------------------------------------] 30%
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[============================================>-----------------------------------------------------------------------------------------------] 32%
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[===============================================>--------------------------------------------------------------------------------------------] 34%
[===============================================>--------------------------------------------------------------------------------------------] 35%
[================================================>-------------------------------------------------------------------------------------------] 35%
[=================================================>------------------------------------------------------------------------------------------] 35%
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[==================================================>-----------------------------------------------------------------------------------------] 36%
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[===========================================================================================================================>----------------] 88%
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[============================================================================================================================>---------------] 89%
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[==============================================================================================================================>-------------] 90%
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[===============================================================================================================================>------------] 91%
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[===========================================================================================================================================>] 100%
[============================================================================================================================================] 100%
Running diff_rhyth() on seedlist of size: 10771
NOTE: Using batches in regression.
[>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 0%
[>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 1%
[=>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 1%
[=>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 2%
[==>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 2%
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[=======>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 5%
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[========>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 6%
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[=======================================>----------------------------------------------------------------------------------------------------] 28%
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[=========================================>--------------------------------------------------------------------------------------------------] 30%
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[===============================================>--------------------------------------------------------------------------------------------] 34%
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[=======================================================>------------------------------------------------------------------------------------] 40%
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[============================================================>-------------------------------------------------------------------------------] 43%
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[============================================================================================================================>---------------] 89%
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[============================================================================================================================================] 100%
Running diff_rhyth() on seedlist of size: 2300
NOTE: Using batches in regression.
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[=======>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 5%
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[=========>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 7%
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[=======================================>----------------------------------------------------------------------------------------------------] 28%
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[========================================>---------------------------------------------------------------------------------------------------] 29%
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[============================================>-----------------------------------------------------------------------------------------------] 32%
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[===============================================>--------------------------------------------------------------------------------------------] 34%
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[============================================================================================================================>---------------] 90%
[=============================================================================================================================>--------------] 90%
[==============================================================================================================================>-------------] 90%
[==============================================================================================================================>-------------] 91%
[===============================================================================================================================>------------] 91%
[===============================================================================================================================>------------] 92%
[================================================================================================================================>-----------] 92%
[=================================================================================================================================>----------] 93%
[==================================================================================================================================>---------] 93%
[==================================================================================================================================>---------] 94%
[===================================================================================================================================>--------] 94%
[===================================================================================================================================>--------] 95%
[====================================================================================================================================>-------] 95%
[=====================================================================================================================================>------] 95%
[=====================================================================================================================================>------] 96%
[======================================================================================================================================>-----] 96%
[======================================================================================================================================>-----] 97%
[=======================================================================================================================================>----] 97%
[========================================================================================================================================>---] 98%
[=========================================================================================================================================>--] 98%
[=========================================================================================================================================>--] 99%
[==========================================================================================================================================>-] 99%
[==========================================================================================================================================>-] 100%
[===========================================================================================================================================>] 100%
[============================================================================================================================================] 100%
Running diff_rhyth() on seedlist of size: 10783
NOTE: Using batches in regression.
[>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 1%
[=>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 1%
[=>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 2%
[==>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 2%
[===>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 3%
[====>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 3%
[====>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 4%
[=====>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 4%
[=====>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 5%
[======>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 5%
[=======>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 5%
[=======>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 6%
[========>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 6%
[========>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 7%
[=========>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 7%
[==========>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 8%
[===========>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 8%
[===========>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 9%
[============>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 9%
[============>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 10%
[=============>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 10%
[==============>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 10%
[==============>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 11%
[===============>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 11%
[===============>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 12%
[================>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 12%
[=================>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 13%
[==================>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 13%
[==================>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 14%
[===================>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 14%
[===================>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 15%
[====================>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 15%
[=====================>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 15%
[=====================>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 16%
[======================>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 16%
[======================>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 17%
[=======================>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 17%
[========================>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 18%
[=========================>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 18%
[=========================>------------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 19%
[==========================>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 19%
[==========================>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 20%
[===========================>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 20%
[============================>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 20%
[============================>---------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 21%
[=============================>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 21%
[=============================>--------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 22%
[==============================>-------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 22%
[===============================>------------------------------------------------------------------------------------------------------------] 23%
[================================>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------] 23%
[================================>-----------------------------------------------------------------------------------------------------------] 24%
[=================================>----------------------------------------------------------------------------------------------------------] 24%
[=================================>----------------------------------------------------------------------------------------------------------] 25%
[==================================>---------------------------------------------------------------------------------------------------------] 25%
[===================================>--------------------------------------------------------------------------------------------------------] 25%
[===================================>--------------------------------------------------------------------------------------------------------] 26%
[====================================>-------------------------------------------------------------------------------------------------------] 26%
[====================================>-------------------------------------------------------------------------------------------------------] 27%
[=====================================>------------------------------------------------------------------------------------------------------] 27%
[======================================>-----------------------------------------------------------------------------------------------------] 28%
[=======================================>----------------------------------------------------------------------------------------------------] 28%
[=======================================>----------------------------------------------------------------------------------------------------] 29%
[========================================>---------------------------------------------------------------------------------------------------] 29%
[========================================>---------------------------------------------------------------------------------------------------] 30%
[=========================================>--------------------------------------------------------------------------------------------------] 30%
[==========================================>-------------------------------------------------------------------------------------------------] 30%
[==========================================>-------------------------------------------------------------------------------------------------] 31%
[===========================================>------------------------------------------------------------------------------------------------] 31%
[===========================================>------------------------------------------------------------------------------------------------] 32%
[============================================>-----------------------------------------------------------------------------------------------] 32%
[=============================================>----------------------------------------------------------------------------------------------] 33%
[==============================================>---------------------------------------------------------------------------------------------] 33%
[==============================================>---------------------------------------------------------------------------------------------] 34%
[===============================================>--------------------------------------------------------------------------------------------] 34%
[===============================================>--------------------------------------------------------------------------------------------] 35%
[================================================>-------------------------------------------------------------------------------------------] 35%
[=================================================>------------------------------------------------------------------------------------------] 35%
[=================================================>------------------------------------------------------------------------------------------] 36%
[==================================================>-----------------------------------------------------------------------------------------] 36%
[==================================================>-----------------------------------------------------------------------------------------] 37%
[===================================================>----------------------------------------------------------------------------------------] 37%
[====================================================>---------------------------------------------------------------------------------------] 38%
[=====================================================>--------------------------------------------------------------------------------------] 38%
[=====================================================>--------------------------------------------------------------------------------------] 39%
[======================================================>-------------------------------------------------------------------------------------] 39%
[======================================================>-------------------------------------------------------------------------------------] 40%
[=======================================================>------------------------------------------------------------------------------------] 40%
[========================================================>-----------------------------------------------------------------------------------] 40%
[========================================================>-----------------------------------------------------------------------------------] 41%
[=========================================================>----------------------------------------------------------------------------------] 41%
[=========================================================>----------------------------------------------------------------------------------] 42%
[==========================================================>---------------------------------------------------------------------------------] 42%
[===========================================================>--------------------------------------------------------------------------------] 43%
[============================================================>-------------------------------------------------------------------------------] 43%
[============================================================>-------------------------------------------------------------------------------] 44%
[=============================================================>------------------------------------------------------------------------------] 44%
[=============================================================>------------------------------------------------------------------------------] 45%
[==============================================================>-----------------------------------------------------------------------------] 45%
[===============================================================>----------------------------------------------------------------------------] 45%
[===============================================================>----------------------------------------------------------------------------] 46%
[================================================================>---------------------------------------------------------------------------] 46%
[================================================================>---------------------------------------------------------------------------] 47%
[=================================================================>--------------------------------------------------------------------------] 47%
[==================================================================>-------------------------------------------------------------------------] 48%
[===================================================================>------------------------------------------------------------------------] 48%
[===================================================================>------------------------------------------------------------------------] 49%
[====================================================================>-----------------------------------------------------------------------] 49%
[====================================================================>-----------------------------------------------------------------------] 50%
[=====================================================================>----------------------------------------------------------------------] 50%
[======================================================================>---------------------------------------------------------------------] 50%
[======================================================================>---------------------------------------------------------------------] 51%
[=======================================================================>--------------------------------------------------------------------] 51%
[=======================================================================>--------------------------------------------------------------------] 52%
[========================================================================>-------------------------------------------------------------------] 52%
[=========================================================================>------------------------------------------------------------------] 53%
[==========================================================================>-----------------------------------------------------------------] 53%
[==========================================================================>-----------------------------------------------------------------] 54%
[===========================================================================>----------------------------------------------------------------] 54%
[===========================================================================>----------------------------------------------------------------] 55%
[============================================================================>---------------------------------------------------------------] 55%
[=============================================================================>--------------------------------------------------------------] 55%
[=============================================================================>--------------------------------------------------------------] 56%
[==============================================================================>-------------------------------------------------------------] 56%
[==============================================================================>-------------------------------------------------------------] 57%
[===============================================================================>------------------------------------------------------------] 57%
[================================================================================>-----------------------------------------------------------] 58%
[=================================================================================>----------------------------------------------------------] 58%
[=================================================================================>----------------------------------------------------------] 59%
[==================================================================================>---------------------------------------------------------] 59%
[==================================================================================>---------------------------------------------------------] 60%
[===================================================================================>--------------------------------------------------------] 60%
[====================================================================================>-------------------------------------------------------] 60%
[====================================================================================>-------------------------------------------------------] 61%
[=====================================================================================>------------------------------------------------------] 61%
[=====================================================================================>------------------------------------------------------] 62%
[======================================================================================>-----------------------------------------------------] 62%
[=======================================================================================>----------------------------------------------------] 63%
[========================================================================================>---------------------------------------------------] 63%
[========================================================================================>---------------------------------------------------] 64%
[=========================================================================================>--------------------------------------------------] 64%
[=========================================================================================>--------------------------------------------------] 65%
[==========================================================================================>-------------------------------------------------] 65%
[===========================================================================================>------------------------------------------------] 65%
[===========================================================================================>------------------------------------------------] 66%
[============================================================================================>-----------------------------------------------] 66%
[============================================================================================>-----------------------------------------------] 67%
[=============================================================================================>----------------------------------------------] 67%
[==============================================================================================>---------------------------------------------] 68%
[===============================================================================================>--------------------------------------------] 68%
[===============================================================================================>--------------------------------------------] 69%
[================================================================================================>-------------------------------------------] 69%
[================================================================================================>-------------------------------------------] 70%
[=================================================================================================>------------------------------------------] 70%
[==================================================================================================>-----------------------------------------] 70%
[==================================================================================================>-----------------------------------------] 71%
[===================================================================================================>----------------------------------------] 71%
[===================================================================================================>----------------------------------------] 72%
[====================================================================================================>---------------------------------------] 72%
[=====================================================================================================>--------------------------------------] 73%
[======================================================================================================>-------------------------------------] 73%
[======================================================================================================>-------------------------------------] 74%
[=======================================================================================================>------------------------------------] 74%
[=======================================================================================================>------------------------------------] 75%
[========================================================================================================>-----------------------------------] 75%
[=========================================================================================================>----------------------------------] 75%
[=========================================================================================================>----------------------------------] 76%
[==========================================================================================================>---------------------------------] 76%
[==========================================================================================================>---------------------------------] 77%
[===========================================================================================================>--------------------------------] 77%
[============================================================================================================>-------------------------------] 78%
[=============================================================================================================>------------------------------] 78%
[=============================================================================================================>------------------------------] 79%
[==============================================================================================================>-----------------------------] 79%
[==============================================================================================================>-----------------------------] 80%
[===============================================================================================================>----------------------------] 80%
[================================================================================================================>---------------------------] 80%
[================================================================================================================>---------------------------] 81%
[=================================================================================================================>--------------------------] 81%
[=================================================================================================================>--------------------------] 82%
[==================================================================================================================>-------------------------] 82%
[===================================================================================================================>------------------------] 83%
[====================================================================================================================>-----------------------] 83%
[====================================================================================================================>-----------------------] 84%
[=====================================================================================================================>----------------------] 84%
[=====================================================================================================================>----------------------] 85%
[======================================================================================================================>---------------------] 85%
[=======================================================================================================================>--------------------] 85%
[=======================================================================================================================>--------------------] 86%
[========================================================================================================================>-------------------] 86%
[========================================================================================================================>-------------------] 87%
[=========================================================================================================================>------------------] 87%
[==========================================================================================================================>-----------------] 88%
[===========================================================================================================================>----------------] 88%
[===========================================================================================================================>----------------] 89%
[============================================================================================================================>---------------] 89%
[============================================================================================================================>---------------] 90%
[=============================================================================================================================>--------------] 90%
[==============================================================================================================================>-------------] 90%
[==============================================================================================================================>-------------] 91%
[===============================================================================================================================>------------] 91%
[===============================================================================================================================>------------] 92%
[================================================================================================================================>-----------] 92%
[=================================================================================================================================>----------] 93%
[==================================================================================================================================>---------] 93%
[==================================================================================================================================>---------] 94%
[===================================================================================================================================>--------] 94%
[===================================================================================================================================>--------] 95%
[====================================================================================================================================>-------] 95%
[=====================================================================================================================================>------] 95%
[=====================================================================================================================================>------] 96%
[======================================================================================================================================>-----] 96%
[======================================================================================================================================>-----] 97%
[=======================================================================================================================================>----] 97%
[========================================================================================================================================>---] 98%
[=========================================================================================================================================>--] 98%
[=========================================================================================================================================>--] 99%
[==========================================================================================================================================>-] 99%
[==========================================================================================================================================>-] 100%
[===========================================================================================================================================>] 100%
[============================================================================================================================================] 100%
With custom regression, I have to remake clock face plots, genes plots, etc.
setwd(path_to_cyclops_ordering)
Warning: The working directory was changed to /Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit inside a notebook chunk. The working directory will be reset when the chunk is finished running. Use the knitr root.dir option in the setup chunk to change the working directory for notebook chunks.
if (!(dir.exists("downstream_output/plots"))){
dir.create("downstream_output/plots")
}
#for cycling_in_CTL.csv
plot_clock_face(paste0(path_to_cyclops_ordering, "/downstream_output/plots/CTL_clock_face_plot.png"),"downstream_output/cosinor_results_CTL.csv", mouse_data = mouse_data, BHQ_cutoff = isCyclingBHQCutoff, amp_ratio_cutoff = 0)
[1] "ARNTL set to 0 radians"
NULL
setwd(path_to_cyclops_ordering)
#for cycling_in_AD.csv
plot_clock_face(paste0(path_to_cyclops_ordering, "/downstream_output/plots/AD_clock_face_plot.png"),"downstream_output/cosinor_results_AD.csv",mouse_data = mouse_data, BHQ_cutoff = isCyclingBHQCutoff, amp_ratio_cutoff = 0)
[1] "ARNTL set to 0 radians"
NULL
#plot cyclops histogram
plot_subject_histogram(path_to_cyclops_ordering, "cond_0")
null device
1
plot_subject_histogram(path_to_cyclops_ordering, "cond_1")
null device
1
#Gene Tracings
plot_core_clock_genes(path_to_tmm_file, path_to_cyclops_ordering, useBatch = useBatch, percentile = percentile, split_cond_plots = T)
[1] "NOTE: Using batches in plotting"
Plot Other Genes
plot_me = c("RPL18","RPS7","RPL22","RPS18","RPL8","RPL10A","RPS13","RPL14","RPS15A","RPS12","RPL36AL","RPL34","RPL30","RPL9","RPL21","RPS28","RPSA","RPL26","RPL27A","FAU","RPS3A","RPL7A","RPL17","RPS27A","RPS16","RPL15","RPLP1","RPL7","RPL10","RPL23A","RPL18A","RPL3","RPL12","RPL39","RPL37A","RPL37","RPS10","RPL13","RPL35A","RPS23","RPL13A","RPL38","RPS29","RPL24","RPL41","RPL35","RPS26","RPS2","RPS9","RPL32","RPL6","RPS21","RPS24","RPS25","RPL36","RPL19","RPS27","RPL29","RPS15","RPS3","RPS5","RPS8","RPL27","RSL24D1","RPS6","RPL11")
tmm = read_csv(path_to_tmm_file, show_col_types = FALSE)
cyc_pred_file = list.files(path = paste0(path_to_cyclops_ordering, "/Fits/"), pattern = '*Fit_Output_*')
cyc_pred = read_csv(paste(path_to_cyclops_ordering, "Fits", cyc_pred_file[1], sep = '/'), show_col_types = FALSE)
plot_gene_trace(cyc_pred, tmm, plot_me , percentile = percentile, useBatch = useBatch)
[1] "NOTE: Using batches in plotting"
Call EnrichR API with python, supplying various lists from cycling and differential rhythm analysis.
path = getwd()
setwd(paste0(path_to_cyclops_ordering, "downstream_output"))
Warning: The working directory was changed to /Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit/downstream_output inside a notebook chunk. The working directory will be reset when the chunk is finished running. Use the knitr root.dir option in the setup chunk to change the working directory for notebook chunks.
path_no_space = gsub(" ", "\\ ", path, fixed = TRUE)
#create list of filenames from the enrichR_files subfolder
gene_lists = list.files("./enrichR_files/", pattern = "^(CTL_|AD_|diff_mesor)")
#run system command to call python script that uses enrichR API
sapply(gene_lists, function(x){
system(paste0("python3 ", path_no_space, "/Python_EnrichR_for_AnalysisPipeline.py -g \"enrichR_files/" ,x, "\" -b \"enrichR_files/EnrichR_background.csv\""))})
{'lib': ['KEGG_2021_Human', 'GO_Biological_Process_2023', 'MSigDB_Hallmark_2020', 'WikiPathway_2021_Human', 'TRRUST_Transcription_Factors_2019', 'GO_Cellular_Component_2023', 'TRANSFAC_and_JASPAR_PWMs', 'Transcription_Factor_PPIs', 'TargetScan_microRNA_2017', 'miRTarBase_2017'], 'genes_list_file': 'enrichR_files/AD_CTL_mthd2_cyclers_AR25BHQ1.csv', 'background_list_file': 'enrichR_files/EnrichR_background.csv'}
Please select file containing list of genes (Symbols)
Path to genes list: enrichR_files/AD_CTL_mthd2_cyclers_AR25BHQ1.csv
Please select file containing list of BACKGROUND genes (Symbols)
Path to Background list: enrichR_files/EnrichR_background.csv
Background DataFrame (nrow: 4337):
Ensembl Gene_Symbols
0 ENSG00000244405 ETV5
1 ENSG00000132326 PER2
2 ENSG00000171314 PGAM1
3 ENSG00000188766 SPRED3
4 ENSG00000100335 MIEF1
Background DataFrame (nrow: 13310):
Ensembl Gene_Symbols
0 ENSG00000188976 NOC2L
1 ENSG00000187961 KLHL17
2 ENSG00000188290 HES4
3 ENSG00000187608 ISG15
4 ENSG00000188157 AGRN
Directory "EnrichR_results/EnrichR_ADCTLmthd2cyclersAR25BHQ1_BCKGRND-EnrichRbackground" already exists. Skipping.
{'lib': ['KEGG_2021_Human', 'GO_Biological_Process_2023', 'MSigDB_Hallmark_2020', 'WikiPathway_2021_Human', 'TRRUST_Transcription_Factors_2019', 'GO_Cellular_Component_2023', 'TRANSFAC_and_JASPAR_PWMs', 'Transcription_Factor_PPIs', 'TargetScan_microRNA_2017', 'miRTarBase_2017'], 'genes_list_file': 'enrichR_files/AD_cyclers_AR25BHQ1.csv', 'background_list_file': 'enrichR_files/EnrichR_background.csv'}
Please select file containing list of genes (Symbols)
Path to genes list: enrichR_files/AD_cyclers_AR25BHQ1.csv
Please select file containing list of BACKGROUND genes (Symbols)
Path to Background list: enrichR_files/EnrichR_background.csv
Background DataFrame (nrow: 3793):
Ensembl Gene_Symbols
0 ENSG00000244405 ETV5
1 ENSG00000132326 PER2
2 ENSG00000171314 PGAM1
3 ENSG00000130540 SULT4A1
4 ENSG00000115310 RTN4
Background DataFrame (nrow: 13310):
Ensembl Gene_Symbols
0 ENSG00000188976 NOC2L
1 ENSG00000187961 KLHL17
2 ENSG00000188290 HES4
3 ENSG00000187608 ISG15
4 ENSG00000188157 AGRN
Directory "EnrichR_results/EnrichR_ADcyclersAR25BHQ1_BCKGRND-EnrichRbackground" already exists. Skipping.
{'lib': ['KEGG_2021_Human', 'GO_Biological_Process_2023', 'MSigDB_Hallmark_2020', 'WikiPathway_2021_Human', 'TRRUST_Transcription_Factors_2019', 'GO_Cellular_Component_2023', 'TRANSFAC_and_JASPAR_PWMs', 'Transcription_Factor_PPIs', 'TargetScan_microRNA_2017', 'miRTarBase_2017'], 'genes_list_file': 'enrichR_files/AD_cyclers_AR33BHQ1.csv', 'background_list_file': 'enrichR_files/EnrichR_background.csv'}
Please select file containing list of genes (Symbols)
Path to genes list: enrichR_files/AD_cyclers_AR33BHQ1.csv
Please select file containing list of BACKGROUND genes (Symbols)
Path to Background list: enrichR_files/EnrichR_background.csv
Background DataFrame (nrow: 2036):
Ensembl Gene_Symbols
0 ENSG00000244405 ETV5
1 ENSG00000132326 PER2
2 ENSG00000171314 PGAM1
3 ENSG00000130540 SULT4A1
4 ENSG00000115310 RTN4
Background DataFrame (nrow: 13310):
Ensembl Gene_Symbols
0 ENSG00000188976 NOC2L
1 ENSG00000187961 KLHL17
2 ENSG00000188290 HES4
3 ENSG00000187608 ISG15
4 ENSG00000188157 AGRN
Directory "EnrichR_results/EnrichR_ADcyclersAR33BHQ1_BCKGRND-EnrichRbackground" already exists. Skipping.
{'lib': ['KEGG_2021_Human', 'GO_Biological_Process_2023', 'MSigDB_Hallmark_2020', 'WikiPathway_2021_Human', 'TRRUST_Transcription_Factors_2019', 'GO_Cellular_Component_2023', 'TRANSFAC_and_JASPAR_PWMs', 'Transcription_Factor_PPIs', 'TargetScan_microRNA_2017', 'miRTarBase_2017'], 'genes_list_file': 'enrichR_files/CTL_cyclers_AR25BHQ1.csv', 'background_list_file': 'enrichR_files/EnrichR_background.csv'}
Please select file containing list of genes (Symbols)
Path to genes list: enrichR_files/CTL_cyclers_AR25BHQ1.csv
Please select file containing list of BACKGROUND genes (Symbols)
Path to Background list: enrichR_files/EnrichR_background.csv
Background DataFrame (nrow: 3501):
Ensembl Gene_Symbols
0 ENSG00000244405 ETV5
1 ENSG00000132326 PER2
2 ENSG00000188766 SPRED3
3 ENSG00000171314 PGAM1
4 ENSG00000124785 NRN1
Background DataFrame (nrow: 13310):
Ensembl Gene_Symbols
0 ENSG00000188976 NOC2L
1 ENSG00000187961 KLHL17
2 ENSG00000188290 HES4
3 ENSG00000187608 ISG15
4 ENSG00000188157 AGRN
Directory "EnrichR_results/EnrichR_CTLcyclersAR25BHQ1_BCKGRND-EnrichRbackground" already exists. Skipping.
{'lib': ['KEGG_2021_Human', 'GO_Biological_Process_2023', 'MSigDB_Hallmark_2020', 'WikiPathway_2021_Human', 'TRRUST_Transcription_Factors_2019', 'GO_Cellular_Component_2023', 'TRANSFAC_and_JASPAR_PWMs', 'Transcription_Factor_PPIs', 'TargetScan_microRNA_2017', 'miRTarBase_2017'], 'genes_list_file': 'enrichR_files/CTL_cyclers_AR33BHQ1.csv', 'background_list_file': 'enrichR_files/EnrichR_background.csv'}
Please select file containing list of genes (Symbols)
Path to genes list: enrichR_files/CTL_cyclers_AR33BHQ1.csv
Please select file containing list of BACKGROUND genes (Symbols)
Path to Background list: enrichR_files/EnrichR_background.csv
Background DataFrame (nrow: 1678):
Ensembl Gene_Symbols
0 ENSG00000244405 ETV5
1 ENSG00000132326 PER2
2 ENSG00000188766 SPRED3
3 ENSG00000171314 PGAM1
4 ENSG00000124785 NRN1
Background DataFrame (nrow: 13310):
Ensembl Gene_Symbols
0 ENSG00000188976 NOC2L
1 ENSG00000187961 KLHL17
2 ENSG00000188290 HES4
3 ENSG00000187608 ISG15
4 ENSG00000188157 AGRN
Directory "EnrichR_results/EnrichR_CTLcyclersAR33BHQ1_BCKGRND-EnrichRbackground" already exists. Skipping.
{'lib': ['KEGG_2021_Human', 'GO_Biological_Process_2023', 'MSigDB_Hallmark_2020', 'WikiPathway_2021_Human', 'TRRUST_Transcription_Factors_2019', 'GO_Cellular_Component_2023', 'TRANSFAC_and_JASPAR_PWMs', 'Transcription_Factor_PPIs', 'TargetScan_microRNA_2017', 'miRTarBase_2017'], 'genes_list_file': 'enrichR_files/diff_mesor_all_genes_BHQ05.csv', 'background_list_file': 'enrichR_files/EnrichR_background.csv'}
Please select file containing list of genes (Symbols)
Path to genes list: enrichR_files/diff_mesor_all_genes_BHQ05.csv
Please select file containing list of BACKGROUND genes (Symbols)
Path to Background list: enrichR_files/EnrichR_background.csv
Background DataFrame (nrow: 6464):
Ensembl Gene_Symbols
0 ENSG00000188976 NOC2L
1 ENSG00000187961 KLHL17
2 ENSG00000188290 HES4
3 ENSG00000187608 ISG15
4 ENSG00000078808 SDF4
Background DataFrame (nrow: 13310):
Ensembl Gene_Symbols
0 ENSG00000188976 NOC2L
1 ENSG00000187961 KLHL17
2 ENSG00000188290 HES4
3 ENSG00000187608 ISG15
4 ENSG00000188157 AGRN
Directory "EnrichR_results/EnrichR_diffmesorallgenesBHQ05_BCKGRND-EnrichRbackground" already exists. Skipping.
AD_CTL_mthd2_cyclers_AR25BHQ1.csv AD_cyclers_AR25BHQ1.csv AD_cyclers_AR33BHQ1.csv CTL_cyclers_AR25BHQ1.csv
0 0 0 0
CTL_cyclers_AR33BHQ1.csv diff_mesor_all_genes_BHQ05.csv
0 0
isCyclingBHQCutoff_str = str_extract(as.character(isCyclingBHQCutoff), "(?<=\\.)\\d+")
setwd("enrichR_files/")
all_DR_gene_lists = list.files( pattern = "^(DR_)")
method2_files = grepl("mthd2", all_DR_gene_lists)
DR_gene_lists_method1 = all_DR_gene_lists[!method2_files]
DR_backgrounds_method1 = paste0("diff_rhythms_CyclingBHQ", isCyclingBHQCutoff_str, "AmpRatio", str_replace(str_extract(DR_gene_lists_method1, pattern = "AR\\d+"), "AR", ""), ".csv")
DR_gene_lists_method2 = all_DR_gene_lists[method2_files]
DR_backgrounds_method2 = paste0("diff_rhythms_method2_CyclingBHQ", isCyclingBHQCutoff_str, "AmpRatio", str_replace(str_extract(DR_gene_lists_method2, pattern = "AR\\d+"), "AR", ""), ".csv")
DR_gene_lists = c(DR_gene_lists_method1, DR_gene_lists_method2)
DR_backgrounds = c(DR_backgrounds_method1, DR_backgrounds_method2)
# repeat with differential gene lists
setwd(paste0(path_to_cyclops_ordering, "downstream_output"))
mapply(function(x, y){
system(paste0("python3 ", path_no_space, "/Python_EnrichR_for_AnalysisPipeline.py -g \"enrichR_files/" ,x, "\" -b \"",y , "\""))},
DR_gene_lists,
DR_backgrounds)
{'lib': ['KEGG_2021_Human', 'GO_Biological_Process_2023', 'MSigDB_Hallmark_2020', 'WikiPathway_2021_Human', 'TRRUST_Transcription_Factors_2019', 'GO_Cellular_Component_2023', 'TRANSFAC_and_JASPAR_PWMs', 'Transcription_Factor_PPIs', 'TargetScan_microRNA_2017', 'miRTarBase_2017'], 'genes_list_file': 'enrichR_files/DR_cyclers_CyclingBHQ1AR1_DRBHQ2.csv', 'background_list_file': 'diff_rhythms_CyclingBHQ1AmpRatio1.csv'}
Please select file containing list of genes (Symbols)
Path to genes list: enrichR_files/DR_cyclers_CyclingBHQ1AR1_DRBHQ2.csv
Please select file containing list of BACKGROUND genes (Symbols)
Path to Background list: diff_rhythms_CyclingBHQ1AmpRatio1.csv
Background DataFrame (nrow: 54):
Ensembl Gene_Symbols ... Bonf Log_AD_CTL_ampRatio
0 ENSG00000161281 COX7A1 ... 0.020616 -0.704488
1 ENSG00000211450 SELENOH ... 0.068573 -0.454206
2 ENSG00000164405 UQCRQ ... 1.000000 -0.565959
3 ENSG00000019582 CD74 ... 1.000000 1.234542
4 ENSG00000177556 ATOX1 ... 1.000000 -0.541007
[5 rows x 10 columns]
Background DataFrame (nrow: 10528):
Ensembl Gene_Symbols p ... BHQ Bonf Log_AD_CTL_ampRatio
0 ENSG00000188976 NOC2L 0.418157 ... 0.787534 1.0 0.333543
1 ENSG00000187961 KLHL17 0.021538 ... 0.402040 1.0 0.371275
2 ENSG00000188290 HES4 0.509391 ... 0.824935 1.0 -0.120408
3 ENSG00000187608 ISG15 0.508770 ... 0.824906 1.0 -0.294342
4 ENSG00000131591 C1orf159 0.782443 ... 0.930163 1.0 0.084900
[5 rows x 10 columns]
Directory "EnrichR_results/EnrichR_DRcyclersCyclingBHQ1AR1DRBHQ2_BCKGRND-diffrhythmsCyclingBHQ1AmpRatio1" already exists. Skipping.
{'lib': ['KEGG_2021_Human', 'GO_Biological_Process_2023', 'MSigDB_Hallmark_2020', 'WikiPathway_2021_Human', 'TRRUST_Transcription_Factors_2019', 'GO_Cellular_Component_2023', 'TRANSFAC_and_JASPAR_PWMs', 'Transcription_Factor_PPIs', 'TargetScan_microRNA_2017', 'miRTarBase_2017'], 'genes_list_file': 'enrichR_files/DR_cyclers_CyclingBHQ1AR25_DRBHQ2.csv', 'background_list_file': 'diff_rhythms_CyclingBHQ1AmpRatio25.csv'}
Please select file containing list of genes (Symbols)
Path to genes list: enrichR_files/DR_cyclers_CyclingBHQ1AR25_DRBHQ2.csv
Please select file containing list of BACKGROUND genes (Symbols)
Path to Background list: diff_rhythms_CyclingBHQ1AmpRatio25.csv
Background DataFrame (nrow: 230):
Ensembl Gene_Symbols ... Bonf Log_AD_CTL_ampRatio
0 ENSG00000161281 COX7A1 ... 0.008463 -0.704488
1 ENSG00000211450 SELENOH ... 0.028151 -0.454206
2 ENSG00000164405 UQCRQ ... 0.441316 -0.565959
3 ENSG00000019582 CD74 ... 0.580904 1.234542
4 ENSG00000177556 ATOX1 ... 0.633190 -0.541007
[5 rows x 10 columns]
Background DataFrame (nrow: 4322):
Ensembl Gene_Symbols p ... BHQ Bonf Log_AD_CTL_ampRatio
0 ENSG00000188290 HES4 0.509391 ... 0.772823 1.0 -0.120408
1 ENSG00000187608 ISG15 0.508770 ... 0.772823 1.0 -0.294342
2 ENSG00000131591 C1orf159 0.782443 ... 0.906011 1.0 0.084900
3 ENSG00000176022 B3GALT6 0.360561 ... 0.690359 1.0 -0.083917
4 ENSG00000169972 PUSL1 0.216335 ... 0.599048 1.0 -0.298418
[5 rows x 10 columns]
Directory "EnrichR_results/EnrichR_DRcyclersCyclingBHQ1AR25DRBHQ2_BCKGRND-diffrhythmsCyclingBHQ1AmpRatio25" already exists. Skipping.
{'lib': ['KEGG_2021_Human', 'GO_Biological_Process_2023', 'MSigDB_Hallmark_2020', 'WikiPathway_2021_Human', 'TRRUST_Transcription_Factors_2019', 'GO_Cellular_Component_2023', 'TRANSFAC_and_JASPAR_PWMs', 'Transcription_Factor_PPIs', 'TargetScan_microRNA_2017', 'miRTarBase_2017'], 'genes_list_file': 'enrichR_files/DR_cyclers_CyclingBHQ1AR33_DRBHQ2.csv', 'background_list_file': 'diff_rhythms_CyclingBHQ1AmpRatio33.csv'}
Please select file containing list of genes (Symbols)
Path to genes list: enrichR_files/DR_cyclers_CyclingBHQ1AR33_DRBHQ2.csv
Please select file containing list of BACKGROUND genes (Symbols)
Path to Background list: diff_rhythms_CyclingBHQ1AmpRatio33.csv
Background DataFrame (nrow: 316):
Ensembl Gene_Symbols ... Bonf Log_AD_CTL_ampRatio
0 ENSG00000161281 COX7A1 ... 0.004578 -0.704488
1 ENSG00000211450 SELENOH ... 0.015228 -0.454206
2 ENSG00000164405 UQCRQ ... 0.238731 -0.565959
3 ENSG00000124614 RPS10 ... 0.260744 -0.525353
4 ENSG00000137168 PPIL1 ... 0.216483 -0.628644
[5 rows x 10 columns]
Background DataFrame (nrow: 2338):
Ensembl Gene_Symbols p ... BHQ Bonf Log_AD_CTL_ampRatio
0 ENSG00000188290 HES4 0.509391 ... 0.732026 1.0 -0.120408
1 ENSG00000176022 B3GALT6 0.360561 ... 0.629568 1.0 -0.083917
2 ENSG00000175756 AURKAIP1 0.016927 ... 0.155197 1.0 -0.334959
3 ENSG00000235098 ANKRD65 0.025834 ... 0.195471 1.0 -0.320663
4 ENSG00000160075 SSU72 0.160727 ... 0.451659 1.0 0.010688
[5 rows x 10 columns]
Directory "EnrichR_results/EnrichR_DRcyclersCyclingBHQ1AR33DRBHQ2_BCKGRND-diffrhythmsCyclingBHQ1AmpRatio33" already exists. Skipping.
{'lib': ['KEGG_2021_Human', 'GO_Biological_Process_2023', 'MSigDB_Hallmark_2020', 'WikiPathway_2021_Human', 'TRRUST_Transcription_Factors_2019', 'GO_Cellular_Component_2023', 'TRANSFAC_and_JASPAR_PWMs', 'Transcription_Factor_PPIs', 'TargetScan_microRNA_2017', 'miRTarBase_2017'], 'genes_list_file': 'enrichR_files/DR_gainAmpAD_CyclingBHQ1AR1_DRBHQ2.csv', 'background_list_file': 'diff_rhythms_CyclingBHQ1AmpRatio1.csv'}
Please select file containing list of genes (Symbols)
Path to genes list: enrichR_files/DR_gainAmpAD_CyclingBHQ1AR1_DRBHQ2.csv
Please select file containing list of BACKGROUND genes (Symbols)
Path to Background list: diff_rhythms_CyclingBHQ1AmpRatio1.csv
Background DataFrame (nrow: 9):
Ensembl Gene_Symbols
0 ENSG00000143303 RRNAD1
1 ENSG00000162843 WDR64
2 ENSG00000226479 TMEM185B
3 ENSG00000019582 CD74
4 ENSG00000196422 PPP1R26
Background DataFrame (nrow: 10528):
Ensembl Gene_Symbols p ... BHQ Bonf Log_AD_CTL_ampRatio
0 ENSG00000188976 NOC2L 0.418157 ... 0.787534 1.0 0.333543
1 ENSG00000187961 KLHL17 0.021538 ... 0.402040 1.0 0.371275
2 ENSG00000188290 HES4 0.509391 ... 0.824935 1.0 -0.120408
3 ENSG00000187608 ISG15 0.508770 ... 0.824906 1.0 -0.294342
4 ENSG00000131591 C1orf159 0.782443 ... 0.930163 1.0 0.084900
[5 rows x 10 columns]
Directory "EnrichR_results/EnrichR_DRgainAmpADCyclingBHQ1AR1DRBHQ2_BCKGRND-diffrhythmsCyclingBHQ1AmpRatio1" already exists. Skipping.
{'lib': ['KEGG_2021_Human', 'GO_Biological_Process_2023', 'MSigDB_Hallmark_2020', 'WikiPathway_2021_Human', 'TRRUST_Transcription_Factors_2019', 'GO_Cellular_Component_2023', 'TRANSFAC_and_JASPAR_PWMs', 'Transcription_Factor_PPIs', 'TargetScan_microRNA_2017', 'miRTarBase_2017'], 'genes_list_file': 'enrichR_files/DR_gainAmpAD_CyclingBHQ1AR25_DRBHQ2.csv', 'background_list_file': 'diff_rhythms_CyclingBHQ1AmpRatio25.csv'}
Please select file containing list of genes (Symbols)
Path to genes list: enrichR_files/DR_gainAmpAD_CyclingBHQ1AR25_DRBHQ2.csv
Please select file containing list of BACKGROUND genes (Symbols)
Path to Background list: diff_rhythms_CyclingBHQ1AmpRatio25.csv
Background DataFrame (nrow: 46):
Ensembl Gene_Symbols
0 ENSG00000133063 CHIT1
1 ENSG00000162843 WDR64
2 ENSG00000226479 TMEM185B
3 ENSG00000144395 CCDC150
4 ENSG00000114779 ABHD14B
Background DataFrame (nrow: 4322):
Ensembl Gene_Symbols p ... BHQ Bonf Log_AD_CTL_ampRatio
0 ENSG00000188290 HES4 0.509391 ... 0.772823 1.0 -0.120408
1 ENSG00000187608 ISG15 0.508770 ... 0.772823 1.0 -0.294342
2 ENSG00000131591 C1orf159 0.782443 ... 0.906011 1.0 0.084900
3 ENSG00000176022 B3GALT6 0.360561 ... 0.690359 1.0 -0.083917
4 ENSG00000169972 PUSL1 0.216335 ... 0.599048 1.0 -0.298418
[5 rows x 10 columns]
Directory "EnrichR_results/EnrichR_DRgainAmpADCyclingBHQ1AR25DRBHQ2_BCKGRND-diffrhythmsCyclingBHQ1AmpRatio25" already exists. Skipping.
{'lib': ['KEGG_2021_Human', 'GO_Biological_Process_2023', 'MSigDB_Hallmark_2020', 'WikiPathway_2021_Human', 'TRRUST_Transcription_Factors_2019', 'GO_Cellular_Component_2023', 'TRANSFAC_and_JASPAR_PWMs', 'Transcription_Factor_PPIs', 'TargetScan_microRNA_2017', 'miRTarBase_2017'], 'genes_list_file': 'enrichR_files/DR_gainAmpAD_CyclingBHQ1AR33_DRBHQ2.csv', 'background_list_file': 'diff_rhythms_CyclingBHQ1AmpRatio33.csv'}
Please select file containing list of genes (Symbols)
Path to genes list: enrichR_files/DR_gainAmpAD_CyclingBHQ1AR33_DRBHQ2.csv
Please select file containing list of BACKGROUND genes (Symbols)
Path to Background list: diff_rhythms_CyclingBHQ1AmpRatio33.csv
Background DataFrame (nrow: 62):
Ensembl Gene_Symbols
0 ENSG00000222046 DCDC2B
1 ENSG00000228063 LYPLAL1-DT
2 ENSG00000162843 WDR64
3 ENSG00000171848 RRM2
4 ENSG00000226479 TMEM185B
Background DataFrame (nrow: 2338):
Ensembl Gene_Symbols p ... BHQ Bonf Log_AD_CTL_ampRatio
0 ENSG00000188290 HES4 0.509391 ... 0.732026 1.0 -0.120408
1 ENSG00000176022 B3GALT6 0.360561 ... 0.629568 1.0 -0.083917
2 ENSG00000175756 AURKAIP1 0.016927 ... 0.155197 1.0 -0.334959
3 ENSG00000235098 ANKRD65 0.025834 ... 0.195471 1.0 -0.320663
4 ENSG00000160075 SSU72 0.160727 ... 0.451659 1.0 0.010688
[5 rows x 10 columns]
Directory "EnrichR_results/EnrichR_DRgainAmpADCyclingBHQ1AR33DRBHQ2_BCKGRND-diffrhythmsCyclingBHQ1AmpRatio33" already exists. Skipping.
{'lib': ['KEGG_2021_Human', 'GO_Biological_Process_2023', 'MSigDB_Hallmark_2020', 'WikiPathway_2021_Human', 'TRRUST_Transcription_Factors_2019', 'GO_Cellular_Component_2023', 'TRANSFAC_and_JASPAR_PWMs', 'Transcription_Factor_PPIs', 'TargetScan_microRNA_2017', 'miRTarBase_2017'], 'genes_list_file': 'enrichR_files/DR_lostAmpAD_CyclingBHQ1AR1_DRBHQ2.csv', 'background_list_file': 'diff_rhythms_CyclingBHQ1AmpRatio1.csv'}
Please select file containing list of genes (Symbols)
Path to genes list: enrichR_files/DR_lostAmpAD_CyclingBHQ1AR1_DRBHQ2.csv
Please select file containing list of BACKGROUND genes (Symbols)
Path to Background list: diff_rhythms_CyclingBHQ1AmpRatio1.csv
Background DataFrame (nrow: 45):
Ensembl Gene_Symbols
0 ENSG00000178796 RIIAD1
1 ENSG00000177954 RPS27
2 ENSG00000188010 MORN2
3 ENSG00000143947 RPS27A
4 ENSG00000135617 PRADC1
Background DataFrame (nrow: 10528):
Ensembl Gene_Symbols p ... BHQ Bonf Log_AD_CTL_ampRatio
0 ENSG00000188976 NOC2L 0.418157 ... 0.787534 1.0 0.333543
1 ENSG00000187961 KLHL17 0.021538 ... 0.402040 1.0 0.371275
2 ENSG00000188290 HES4 0.509391 ... 0.824935 1.0 -0.120408
3 ENSG00000187608 ISG15 0.508770 ... 0.824906 1.0 -0.294342
4 ENSG00000131591 C1orf159 0.782443 ... 0.930163 1.0 0.084900
[5 rows x 10 columns]
Directory "EnrichR_results/EnrichR_DRlostAmpADCyclingBHQ1AR1DRBHQ2_BCKGRND-diffrhythmsCyclingBHQ1AmpRatio1" created.
Saved KEGG_2021_Human results to file
Saved GO_Biological_Process_2023 results to file
Saved MSigDB_Hallmark_2020 results to file
Saved WikiPathway_2021_Human results to file
{'lib': ['KEGG_2021_Human', 'GO_Biological_Process_2023', 'MSigDB_Hallmark_2020', 'WikiPathway_2021_Human', 'TRRUST_Transcription_Factors_2019', 'GO_Cellular_Component_2023', 'TRANSFAC_and_JASPAR_PWMs', 'Transcription_Factor_PPIs', 'TargetScan_microRNA_2017', 'miRTarBase_2017'], 'genes_list_file': 'enrichR_files/DR_lostAmpAD_CyclingBHQ1AR25_DRBHQ2.csv', 'background_list_file': 'diff_rhythms_CyclingBHQ1AmpRatio25.csv'}
Please select file containing list of genes (Symbols)
Path to genes list: enrichR_files/DR_lostAmpAD_CyclingBHQ1AR25_DRBHQ2.csv
Please select file containing list of BACKGROUND genes (Symbols)
Path to Background list: diff_rhythms_CyclingBHQ1AmpRatio25.csv
Background DataFrame (nrow: 184):
Ensembl Gene_Symbols
0 ENSG00000142676 RPL11
1 ENSG00000130770 ATP5IF1
2 ENSG00000142937 RPS8
3 ENSG00000173846 PLK3
4 ENSG00000173660 UQCRH
Background DataFrame (nrow: 4322):
Ensembl Gene_Symbols p ... BHQ Bonf Log_AD_CTL_ampRatio
0 ENSG00000188290 HES4 0.509391 ... 0.772823 1.0 -0.120408
1 ENSG00000187608 ISG15 0.508770 ... 0.772823 1.0 -0.294342
2 ENSG00000131591 C1orf159 0.782443 ... 0.906011 1.0 0.084900
3 ENSG00000176022 B3GALT6 0.360561 ... 0.690359 1.0 -0.083917
4 ENSG00000169972 PUSL1 0.216335 ... 0.599048 1.0 -0.298418
[5 rows x 10 columns]
Directory "EnrichR_results/EnrichR_DRlostAmpADCyclingBHQ1AR25DRBHQ2_BCKGRND-diffrhythmsCyclingBHQ1AmpRatio25" already exists. Skipping.
{'lib': ['KEGG_2021_Human', 'GO_Biological_Process_2023', 'MSigDB_Hallmark_2020', 'WikiPathway_2021_Human', 'TRRUST_Transcription_Factors_2019', 'GO_Cellular_Component_2023', 'TRANSFAC_and_JASPAR_PWMs', 'Transcription_Factor_PPIs', 'TargetScan_microRNA_2017', 'miRTarBase_2017'], 'genes_list_file': 'enrichR_files/DR_lostAmpAD_CyclingBHQ1AR33_DRBHQ2.csv', 'background_list_file': 'diff_rhythms_CyclingBHQ1AmpRatio33.csv'}
Please select file containing list of genes (Symbols)
Path to genes list: enrichR_files/DR_lostAmpAD_CyclingBHQ1AR33_DRBHQ2.csv
Please select file containing list of BACKGROUND genes (Symbols)
Path to Background list: diff_rhythms_CyclingBHQ1AmpRatio33.csv
Background DataFrame (nrow: 254):
Ensembl Gene_Symbols
0 ENSG00000175756 AURKAIP1
1 ENSG00000235098 ANKRD65
2 ENSG00000116251 RPL22
3 ENSG00000116288 PARK7
4 ENSG00000142676 RPL11
Background DataFrame (nrow: 2338):
Ensembl Gene_Symbols p ... BHQ Bonf Log_AD_CTL_ampRatio
0 ENSG00000188290 HES4 0.509391 ... 0.732026 1.0 -0.120408
1 ENSG00000176022 B3GALT6 0.360561 ... 0.629568 1.0 -0.083917
2 ENSG00000175756 AURKAIP1 0.016927 ... 0.155197 1.0 -0.334959
3 ENSG00000235098 ANKRD65 0.025834 ... 0.195471 1.0 -0.320663
4 ENSG00000160075 SSU72 0.160727 ... 0.451659 1.0 0.010688
[5 rows x 10 columns]
Directory "EnrichR_results/EnrichR_DRlostAmpADCyclingBHQ1AR33DRBHQ2_BCKGRND-diffrhythmsCyclingBHQ1AmpRatio33" already exists. Skipping.
{'lib': ['KEGG_2021_Human', 'GO_Biological_Process_2023', 'MSigDB_Hallmark_2020', 'WikiPathway_2021_Human', 'TRRUST_Transcription_Factors_2019', 'GO_Cellular_Component_2023', 'TRANSFAC_and_JASPAR_PWMs', 'Transcription_Factor_PPIs', 'TargetScan_microRNA_2017', 'miRTarBase_2017'], 'genes_list_file': 'enrichR_files/DR_cyclers_mthd2_CyclingBHQ1AR1_DRBHQ2.csv', 'background_list_file': 'diff_rhythms_method2_CyclingBHQ1AmpRatio1.csv'}
Please select file containing list of genes (Symbols)
Path to genes list: enrichR_files/DR_cyclers_mthd2_CyclingBHQ1AR1_DRBHQ2.csv
Please select file containing list of BACKGROUND genes (Symbols)
Path to Background list: diff_rhythms_method2_CyclingBHQ1AmpRatio1.csv
Background DataFrame (nrow: 54):
Ensembl Gene_Symbols ... Bonf Log_AD_CTL_ampRatio
0 ENSG00000161281 COX7A1 ... 0.020637 -0.704488
1 ENSG00000211450 SELENOH ... 0.068645 -0.454206
2 ENSG00000164405 UQCRQ ... 1.000000 -0.565959
3 ENSG00000019582 CD74 ... 1.000000 1.234542
4 ENSG00000177556 ATOX1 ... 1.000000 -0.541007
[5 rows x 10 columns]
Background DataFrame (nrow: 10539):
Ensembl Gene_Symbols p ... BHQ Bonf Log_AD_CTL_ampRatio
0 ENSG00000188976 NOC2L 0.418157 ... 0.787375 1.0 0.333543
1 ENSG00000187961 KLHL17 0.021538 ... 0.400331 1.0 0.371275
2 ENSG00000188290 HES4 0.509391 ... 0.824404 1.0 -0.120408
3 ENSG00000187608 ISG15 0.508770 ... 0.824372 1.0 -0.294342
4 ENSG00000131591 C1orf159 0.782443 ... 0.930401 1.0 0.084900
[5 rows x 10 columns]
Directory "EnrichR_results/EnrichR_DRcyclersmthd2CyclingBHQ1AR1DRBHQ2_BCKGRND-diffrhythmsmethod2CyclingBHQ1AmpRatio1" already exists. Skipping.
{'lib': ['KEGG_2021_Human', 'GO_Biological_Process_2023', 'MSigDB_Hallmark_2020', 'WikiPathway_2021_Human', 'TRRUST_Transcription_Factors_2019', 'GO_Cellular_Component_2023', 'TRANSFAC_and_JASPAR_PWMs', 'Transcription_Factor_PPIs', 'TargetScan_microRNA_2017', 'miRTarBase_2017'], 'genes_list_file': 'enrichR_files/DR_cyclers_mthd2_CyclingBHQ1AR25_DRBHQ2.csv', 'background_list_file': 'diff_rhythms_method2_CyclingBHQ1AmpRatio25.csv'}
Please select file containing list of genes (Symbols)
Path to genes list: enrichR_files/DR_cyclers_mthd2_CyclingBHQ1AR25_DRBHQ2.csv
Please select file containing list of BACKGROUND genes (Symbols)
Path to Background list: diff_rhythms_method2_CyclingBHQ1AmpRatio25.csv
Background DataFrame (nrow: 229):
Ensembl Gene_Symbols ... Bonf Log_AD_CTL_ampRatio
0 ENSG00000161281 COX7A1 ... 0.008493 -0.704488
1 ENSG00000211450 SELENOH ... 0.028249 -0.454206
2 ENSG00000164405 UQCRQ ... 0.442847 -0.565959
3 ENSG00000019582 CD74 ... 0.582920 1.234542
4 ENSG00000177556 ATOX1 ... 0.635387 -0.541007
[5 rows x 10 columns]
Background DataFrame (nrow: 4337):
Ensembl Gene_Symbols p ... BHQ Bonf Log_AD_CTL_ampRatio
0 ENSG00000188290 HES4 0.509391 ... 0.771174 1.0 -0.120408
1 ENSG00000187608 ISG15 0.508770 ... 0.771174 1.0 -0.294342
2 ENSG00000131591 C1orf159 0.782443 ... 0.904076 1.0 0.084900
3 ENSG00000176022 B3GALT6 0.360561 ... 0.689397 1.0 -0.083917
4 ENSG00000169972 PUSL1 0.216335 ... 0.596316 1.0 -0.298418
[5 rows x 10 columns]
Directory "EnrichR_results/EnrichR_DRcyclersmthd2CyclingBHQ1AR25DRBHQ2_BCKGRND-diffrhythmsmethod2CyclingBHQ1AmpRatio25" already exists. Skipping.
{'lib': ['KEGG_2021_Human', 'GO_Biological_Process_2023', 'MSigDB_Hallmark_2020', 'WikiPathway_2021_Human', 'TRRUST_Transcription_Factors_2019', 'GO_Cellular_Component_2023', 'TRANSFAC_and_JASPAR_PWMs', 'Transcription_Factor_PPIs', 'TargetScan_microRNA_2017', 'miRTarBase_2017'], 'genes_list_file': 'enrichR_files/DR_mthd2_gainAmpAD_CyclingBHQ1AR1_DRBHQ2.csv', 'background_list_file': 'diff_rhythms_method2_CyclingBHQ1AmpRatio1.csv'}
Please select file containing list of genes (Symbols)
Path to genes list: enrichR_files/DR_mthd2_gainAmpAD_CyclingBHQ1AR1_DRBHQ2.csv
Please select file containing list of BACKGROUND genes (Symbols)
Path to Background list: diff_rhythms_method2_CyclingBHQ1AmpRatio1.csv
Background DataFrame (nrow: 9):
Ensembl Gene_Symbols
0 ENSG00000143303 RRNAD1
1 ENSG00000162843 WDR64
2 ENSG00000226479 TMEM185B
3 ENSG00000019582 CD74
4 ENSG00000196422 PPP1R26
Background DataFrame (nrow: 10539):
Ensembl Gene_Symbols p ... BHQ Bonf Log_AD_CTL_ampRatio
0 ENSG00000188976 NOC2L 0.418157 ... 0.787375 1.0 0.333543
1 ENSG00000187961 KLHL17 0.021538 ... 0.400331 1.0 0.371275
2 ENSG00000188290 HES4 0.509391 ... 0.824404 1.0 -0.120408
3 ENSG00000187608 ISG15 0.508770 ... 0.824372 1.0 -0.294342
4 ENSG00000131591 C1orf159 0.782443 ... 0.930401 1.0 0.084900
[5 rows x 10 columns]
Directory "EnrichR_results/EnrichR_DRmthd2gainAmpADCyclingBHQ1AR1DRBHQ2_BCKGRND-diffrhythmsmethod2CyclingBHQ1AmpRatio1" already exists. Skipping.
{'lib': ['KEGG_2021_Human', 'GO_Biological_Process_2023', 'MSigDB_Hallmark_2020', 'WikiPathway_2021_Human', 'TRRUST_Transcription_Factors_2019', 'GO_Cellular_Component_2023', 'TRANSFAC_and_JASPAR_PWMs', 'Transcription_Factor_PPIs', 'TargetScan_microRNA_2017', 'miRTarBase_2017'], 'genes_list_file': 'enrichR_files/DR_mthd2_gainAmpAD_CyclingBHQ1AR25_DRBHQ2.csv', 'background_list_file': 'diff_rhythms_method2_CyclingBHQ1AmpRatio25.csv'}
Please select file containing list of genes (Symbols)
Path to genes list: enrichR_files/DR_mthd2_gainAmpAD_CyclingBHQ1AR25_DRBHQ2.csv
Please select file containing list of BACKGROUND genes (Symbols)
Path to Background list: diff_rhythms_method2_CyclingBHQ1AmpRatio25.csv
Background DataFrame (nrow: 45):
Ensembl Gene_Symbols
0 ENSG00000133063 CHIT1
1 ENSG00000162843 WDR64
2 ENSG00000226479 TMEM185B
3 ENSG00000144395 CCDC150
4 ENSG00000240891 PLCXD2
Background DataFrame (nrow: 4337):
Ensembl Gene_Symbols p ... BHQ Bonf Log_AD_CTL_ampRatio
0 ENSG00000188290 HES4 0.509391 ... 0.771174 1.0 -0.120408
1 ENSG00000187608 ISG15 0.508770 ... 0.771174 1.0 -0.294342
2 ENSG00000131591 C1orf159 0.782443 ... 0.904076 1.0 0.084900
3 ENSG00000176022 B3GALT6 0.360561 ... 0.689397 1.0 -0.083917
4 ENSG00000169972 PUSL1 0.216335 ... 0.596316 1.0 -0.298418
[5 rows x 10 columns]
Directory "EnrichR_results/EnrichR_DRmthd2gainAmpADCyclingBHQ1AR25DRBHQ2_BCKGRND-diffrhythmsmethod2CyclingBHQ1AmpRatio25" already exists. Skipping.
{'lib': ['KEGG_2021_Human', 'GO_Biological_Process_2023', 'MSigDB_Hallmark_2020', 'WikiPathway_2021_Human', 'TRRUST_Transcription_Factors_2019', 'GO_Cellular_Component_2023', 'TRANSFAC_and_JASPAR_PWMs', 'Transcription_Factor_PPIs', 'TargetScan_microRNA_2017', 'miRTarBase_2017'], 'genes_list_file': 'enrichR_files/DR_mthd2_lostAmpAD_CyclingBHQ1AR1_DRBHQ2.csv', 'background_list_file': 'diff_rhythms_method2_CyclingBHQ1AmpRatio1.csv'}
Please select file containing list of genes (Symbols)
Path to genes list: enrichR_files/DR_mthd2_lostAmpAD_CyclingBHQ1AR1_DRBHQ2.csv
Please select file containing list of BACKGROUND genes (Symbols)
Path to Background list: diff_rhythms_method2_CyclingBHQ1AmpRatio1.csv
Background DataFrame (nrow: 45):
Ensembl Gene_Symbols
0 ENSG00000178796 RIIAD1
1 ENSG00000177954 RPS27
2 ENSG00000188010 MORN2
3 ENSG00000143947 RPS27A
4 ENSG00000135617 PRADC1
Background DataFrame (nrow: 10539):
Ensembl Gene_Symbols p ... BHQ Bonf Log_AD_CTL_ampRatio
0 ENSG00000188976 NOC2L 0.418157 ... 0.787375 1.0 0.333543
1 ENSG00000187961 KLHL17 0.021538 ... 0.400331 1.0 0.371275
2 ENSG00000188290 HES4 0.509391 ... 0.824404 1.0 -0.120408
3 ENSG00000187608 ISG15 0.508770 ... 0.824372 1.0 -0.294342
4 ENSG00000131591 C1orf159 0.782443 ... 0.930401 1.0 0.084900
[5 rows x 10 columns]
Directory "EnrichR_results/EnrichR_DRmthd2lostAmpADCyclingBHQ1AR1DRBHQ2_BCKGRND-diffrhythmsmethod2CyclingBHQ1AmpRatio1" already exists. Skipping.
{'lib': ['KEGG_2021_Human', 'GO_Biological_Process_2023', 'MSigDB_Hallmark_2020', 'WikiPathway_2021_Human', 'TRRUST_Transcription_Factors_2019', 'GO_Cellular_Component_2023', 'TRANSFAC_and_JASPAR_PWMs', 'Transcription_Factor_PPIs', 'TargetScan_microRNA_2017', 'miRTarBase_2017'], 'genes_list_file': 'enrichR_files/DR_mthd2_lostAmpAD_CyclingBHQ1AR25_DRBHQ2.csv', 'background_list_file': 'diff_rhythms_method2_CyclingBHQ1AmpRatio25.csv'}
Please select file containing list of genes (Symbols)
Path to genes list: enrichR_files/DR_mthd2_lostAmpAD_CyclingBHQ1AR25_DRBHQ2.csv
Please select file containing list of BACKGROUND genes (Symbols)
Path to Background list: diff_rhythms_method2_CyclingBHQ1AmpRatio25.csv
Background DataFrame (nrow: 184):
Ensembl Gene_Symbols
0 ENSG00000142676 RPL11
1 ENSG00000130770 ATP5IF1
2 ENSG00000142937 RPS8
3 ENSG00000173846 PLK3
4 ENSG00000173660 UQCRH
Background DataFrame (nrow: 4337):
Ensembl Gene_Symbols p ... BHQ Bonf Log_AD_CTL_ampRatio
0 ENSG00000188290 HES4 0.509391 ... 0.771174 1.0 -0.120408
1 ENSG00000187608 ISG15 0.508770 ... 0.771174 1.0 -0.294342
2 ENSG00000131591 C1orf159 0.782443 ... 0.904076 1.0 0.084900
3 ENSG00000176022 B3GALT6 0.360561 ... 0.689397 1.0 -0.083917
4 ENSG00000169972 PUSL1 0.216335 ... 0.596316 1.0 -0.298418
[5 rows x 10 columns]
Directory "EnrichR_results/EnrichR_DRmthd2lostAmpADCyclingBHQ1AR25DRBHQ2_BCKGRND-diffrhythmsmethod2CyclingBHQ1AmpRatio25" already exists. Skipping.
DR_cyclers_CyclingBHQ1AR1_DRBHQ2.csv DR_cyclers_CyclingBHQ1AR25_DRBHQ2.csv
0 0
DR_cyclers_CyclingBHQ1AR33_DRBHQ2.csv DR_gainAmpAD_CyclingBHQ1AR1_DRBHQ2.csv
0 0
DR_gainAmpAD_CyclingBHQ1AR25_DRBHQ2.csv DR_gainAmpAD_CyclingBHQ1AR33_DRBHQ2.csv
0 0
DR_lostAmpAD_CyclingBHQ1AR1_DRBHQ2.csv DR_lostAmpAD_CyclingBHQ1AR25_DRBHQ2.csv
0 0
DR_lostAmpAD_CyclingBHQ1AR33_DRBHQ2.csv DR_cyclers_mthd2_CyclingBHQ1AR1_DRBHQ2.csv
0 0
DR_cyclers_mthd2_CyclingBHQ1AR25_DRBHQ2.csv DR_mthd2_gainAmpAD_CyclingBHQ1AR1_DRBHQ2.csv
0 0
DR_mthd2_gainAmpAD_CyclingBHQ1AR25_DRBHQ2.csv DR_mthd2_lostAmpAD_CyclingBHQ1AR1_DRBHQ2.csv
0 0
DR_mthd2_lostAmpAD_CyclingBHQ1AR25_DRBHQ2.csv
0
#AD severity
system(paste0("python3 ", path_no_space, "/Python_EnrichR_for_AnalysisPipeline.py -g \"enrichR_files/strong_cogdx_diffs_AR25.csv\" -b \"enrichR_files/AD_cyclers_AR25BHQ05.csv\""))
{'lib': ['KEGG_2021_Human', 'GO_Biological_Process_2023', 'MSigDB_Hallmark_2020', 'WikiPathway_2021_Human', 'TRRUST_Transcription_Factors_2019', 'GO_Cellular_Component_2023', 'TRANSFAC_and_JASPAR_PWMs', 'Transcription_Factor_PPIs', 'TargetScan_microRNA_2017', 'miRTarBase_2017'], 'genes_list_file': 'enrichR_files/strong_cogdx_diffs_AR25.csv', 'background_list_file': 'enrichR_files/AD_cyclers_AR25BHQ05.csv'}
Please select file containing list of genes (Symbols)
Path to genes list: enrichR_files/strong_cogdx_diffs_AR25.csv
Please select file containing list of BACKGROUND genes (Symbols)
Path to Background list: enrichR_files/AD_cyclers_AR25BHQ05.csv
Background DataFrame (nrow: 64):
Ensembl Gene_Symbols
0 ENSG00000160075 SSU72
1 ENSG00000084623 EIF3I
2 ENSG00000163875 MEAF6
3 ENSG00000162783 IER5
4 ENSG00000162817 C1orf115
File not found.
Traceback (most recent call last):
File "/Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/scROSMAP/Rscripts/automatic_downstream_analysis/Python_EnrichR_for_AnalysisPipeline.py", line 90, in <module>
background = list(background_df['Gene_Symbols'])
TypeError: 'NoneType' object is not subscriptable
path = getwd()
setwd(paste0(path_to_cyclops_ordering, "downstream_output"))
path_no_space = gsub(" ", "\\ ", path, fixed = TRUE)
#create list of filenames from the enrichR_files subfolder
gene_lists = list.files("./enrichR_files/", pattern = "^(CTL_|AD_|diff_mesor)")
#run system command to call python script that uses enrichR API
sapply(gene_lists, function(x){
system(paste0("python3 ", path_no_space, "/Python_EnrichR_for_AnalysisPipeline.py -g \"enrichR_files/" ,x, "\" -b \"enrichR_files/EnrichR_background.csv\""))})
python3: can't open file '/Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit/downstream_output/Python_EnrichR_for_AnalysisPipeline.py': [Errno 2] No such file or directory
python3: can't open file '/Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit/downstream_output/Python_EnrichR_for_AnalysisPipeline.py': [Errno 2] No such file or directory
python3: can't open file '/Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit/downstream_output/Python_EnrichR_for_AnalysisPipeline.py': [Errno 2] No such file or directory
python3: can't open file '/Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit/downstream_output/Python_EnrichR_for_AnalysisPipeline.py': [Errno 2] No such file or directory
python3: can't open file '/Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit/downstream_output/Python_EnrichR_for_AnalysisPipeline.py': [Errno 2] No such file or directory
python3: can't open file '/Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit/downstream_output/Python_EnrichR_for_AnalysisPipeline.py': [Errno 2] No such file or directory
AD_CTL_mthd2_cyclers_AR25BHQ1.csv AD_cyclers_AR25BHQ1.csv AD_cyclers_AR33BHQ1.csv CTL_cyclers_AR25BHQ1.csv
2 2 2 2
CTL_cyclers_AR33BHQ1.csv diff_mesor_all_genes_BHQ05.csv
2 2
isCyclingBHQCutoff_str = str_extract(as.character(isCyclingBHQCutoff), "(?<=\\.)\\d+")
setwd("enrichR_files/")
all_DR_gene_lists = list.files( pattern = "^(DR_)")
method2_files = grepl("mthd2", all_DR_gene_lists)
DR_gene_lists_method1 = all_DR_gene_lists[!method2_files]
DR_backgrounds_method1 = paste0("diff_rhythms_CyclingBHQ", isCyclingBHQCutoff_str, "AmpRatio", str_replace(str_extract(DR_gene_lists_method1, pattern = "AR\\d+"), "AR", ""), ".csv")
DR_gene_lists_method2 = all_DR_gene_lists[method2_files]
DR_backgrounds_method2 = paste0("diff_rhythms_method2_CyclingBHQ", isCyclingBHQCutoff_str, "AmpRatio", str_replace(str_extract(DR_gene_lists_method2, pattern = "AR\\d+"), "AR", ""), ".csv")
DR_gene_lists = c(DR_gene_lists_method1, DR_gene_lists_method2)
DR_backgrounds = c(DR_backgrounds_method1, DR_backgrounds_method2)
# repeat with differential gene lists
setwd(paste0(path_to_cyclops_ordering, "downstream_output"))
mapply(function(x, y){
system(paste0("python3 ", path_no_space, "/Python_EnrichR_for_AnalysisPipeline.py -g \"enrichR_files/" ,x, "\" -b \"",y , "\""))},
DR_gene_lists,
DR_backgrounds)
python3: can't open file '/Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit/downstream_output/Python_EnrichR_for_AnalysisPipeline.py': [Errno 2] No such file or directory
python3: can't open file '/Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit/downstream_output/Python_EnrichR_for_AnalysisPipeline.py': [Errno 2] No such file or directory
python3: can't open file '/Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit/downstream_output/Python_EnrichR_for_AnalysisPipeline.py': [Errno 2] No such file or directory
python3: can't open file '/Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit/downstream_output/Python_EnrichR_for_AnalysisPipeline.py': [Errno 2] No such file or directory
python3: can't open file '/Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit/downstream_output/Python_EnrichR_for_AnalysisPipeline.py': [Errno 2] No such file or directory
python3: can't open file '/Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit/downstream_output/Python_EnrichR_for_AnalysisPipeline.py': [Errno 2] No such file or directory
python3: can't open file '/Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit/downstream_output/Python_EnrichR_for_AnalysisPipeline.py': [Errno 2] No such file or directory
python3: can't open file '/Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit/downstream_output/Python_EnrichR_for_AnalysisPipeline.py': [Errno 2] No such file or directory
python3: can't open file '/Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit/downstream_output/Python_EnrichR_for_AnalysisPipeline.py': [Errno 2] No such file or directory
python3: can't open file '/Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit/downstream_output/Python_EnrichR_for_AnalysisPipeline.py': [Errno 2] No such file or directory
python3: can't open file '/Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit/downstream_output/Python_EnrichR_for_AnalysisPipeline.py': [Errno 2] No such file or directory
python3: can't open file '/Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit/downstream_output/Python_EnrichR_for_AnalysisPipeline.py': [Errno 2] No such file or directory
python3: can't open file '/Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit/downstream_output/Python_EnrichR_for_AnalysisPipeline.py': [Errno 2] No such file or directory
python3: can't open file '/Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit/downstream_output/Python_EnrichR_for_AnalysisPipeline.py': [Errno 2] No such file or directory
python3: can't open file '/Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit/downstream_output/Python_EnrichR_for_AnalysisPipeline.py': [Errno 2] No such file or directory
DR_cyclers_CyclingBHQ1AR1_DRBHQ2.csv DR_cyclers_CyclingBHQ1AR25_DRBHQ2.csv
2 2
DR_cyclers_CyclingBHQ1AR33_DRBHQ2.csv DR_gainAmpAD_CyclingBHQ1AR1_DRBHQ2.csv
2 2
DR_gainAmpAD_CyclingBHQ1AR25_DRBHQ2.csv DR_gainAmpAD_CyclingBHQ1AR33_DRBHQ2.csv
2 2
DR_lostAmpAD_CyclingBHQ1AR1_DRBHQ2.csv DR_lostAmpAD_CyclingBHQ1AR25_DRBHQ2.csv
2 2
DR_lostAmpAD_CyclingBHQ1AR33_DRBHQ2.csv DR_cyclers_mthd2_CyclingBHQ1AR1_DRBHQ2.csv
2 2
DR_cyclers_mthd2_CyclingBHQ1AR25_DRBHQ2.csv DR_mthd2_gainAmpAD_CyclingBHQ1AR1_DRBHQ2.csv
2 2
DR_mthd2_gainAmpAD_CyclingBHQ1AR25_DRBHQ2.csv DR_mthd2_lostAmpAD_CyclingBHQ1AR1_DRBHQ2.csv
2 2
DR_mthd2_lostAmpAD_CyclingBHQ1AR25_DRBHQ2.csv
2
path = getwd()
setwd(path_to_cyclops_ordering)
Warning: The working directory was changed to /Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit inside a notebook chunk. The working directory will be reset when the chunk is finished running. Use the knitr root.dir option in the setup chunk to change the working directory for notebook chunks.
if (!(dir.exists("downstream_output/fGSEA"))){
dir.create("downstream_output/fGSEA")
dir.create(paste("downstream_output", "fGSEA", "rnk_files", sep = "/"))
dir.create(paste("downstream_output" , "fGSEA", "fGSEA_results", sep = "/"))
}
isCyclingBHQCutoff_str = str_extract(as.character(isCyclingBHQCutoff), "(?<=\\.)\\d+")
#create rnk files
write_rnks(path_to_cyclops_ordering, isCyclingBHQCutoff_str)
[1] "Creating rnk files for fGSEA."
#path of parent folder
setwd(path)
#Pathways, downloaded from MsigDB
pathways <- c(gmtPathways("./MsigDB_gmts_for_GSEA/c2.cp.kegg.v2023.1.Hs.symbols.gmt"), gmtPathways("./MsigDB_gmts_for_GSEA/h.all.v2023.1.Hs.symbols.gmt"))
gene_remapping_dict = read.delim("./MsigDB_gmts_for_GSEA/Human_Gene_Symbol_with_Remapping_MSigDB.v2023.1.Hs.chip", sep = '\t')
setwd(paste(path_to_cyclops_ordering,"downstream_output", "fGSEA", "rnk_files", sep = "/"))
rnk_files = list.files(pattern = ".rnk")
if(!(dir.exists(paste(path_to_cyclops_ordering, "downstream_output","fGSEA","fGSEA_results", sep = "/")))){
dir.create( paste(path_to_cyclops_ordering,"downstream_output", "fGSEA","fGSEA_results", sep = "/") )
dir.create( paste(path_to_cyclops_ordering,"downstream_output", "fGSEA","fGSEA_results", "plots",sep = "/"))
}
run_fgsea(rnk_files, gene_remapping_dict, pathways)
[1] "../fGSEA_results/AD_cyclers_minusLogPRanked.csv"
[1] "Used pos fGSEA score type"
Saving 7 x 7 in image
[1] "../fGSEA_results/CTL_cyclers_minusLogPRanked.csv"
[1] "Used pos fGSEA score type"
[1] "../fGSEA_results/differential_mesor_all_genes_minusLogPRanked.csv"
[1] "Used pos fGSEA score type"
[1] "../fGSEA_results/DRgenesAmpRatio1_Log(AD-CTL)ranked.csv"
[1] "Used std fGSEA score type"
[1] "../fGSEA_results/DRgenesAmpRatio1_minusLogPRanked.csv"
[1] "Used pos fGSEA score type"
[1] "../fGSEA_results/DRgenesAmpRatio25_Log(AD-CTL)ranked_method2.csv"
[1] "Used std fGSEA score type"
[1] "../fGSEA_results/DRgenesAmpRatio25_Log(AD-CTL)ranked.csv"
[1] "Used std fGSEA score type"
[1] "../fGSEA_results/DRgenesAmpRatio25_minusLogPRanked_method2.csv"
[1] "Used pos fGSEA score type"
[1] "../fGSEA_results/DRgenesAmpRatio25_minusLogPRanked.csv"
[1] "Used pos fGSEA score type"
AD_cyclers_minusLogPRanked.rnk CTL_cyclers_minusLogPRanked.rnk
"../fGSEA_results/plots/AD_cyclers_minusLogPRanked.png" "../fGSEA_results/plots/CTL_cyclers_minusLogPRanked.png"
differential_mesor_all_genes_minusLogPRanked.rnk DRgenesAmpRatio1_Log(AD-CTL)ranked.rnk
"../fGSEA_results/plots/differential_mesor_all_genes_minusLogPRanked.png" "../fGSEA_results/plots/DRgenesAmpRatio1_Log(AD-CTL)ranked.png"
DRgenesAmpRatio1_minusLogPRanked.rnk DRgenesAmpRatio25_Log(AD-CTL)ranked_method2.rnk
"../fGSEA_results/plots/DRgenesAmpRatio1_minusLogPRanked.png" "../fGSEA_results/plots/DRgenesAmpRatio25_Log(AD-CTL)ranked_method2.png"
DRgenesAmpRatio25_Log(AD-CTL)ranked.rnk DRgenesAmpRatio25_minusLogPRanked_method2.rnk
"../fGSEA_results/plots/DRgenesAmpRatio25_Log(AD-CTL)ranked.png" "../fGSEA_results/plots/DRgenesAmpRatio25_minusLogPRanked_method2.png"
DRgenesAmpRatio25_minusLogPRanked.rnk
"../fGSEA_results/plots/DRgenesAmpRatio25_minusLogPRanked.png"
Run fgsea on sleep related pathways from https://doi.org/10.1152/physiolgenomics.00275.2006
path = getwd()
path_no_space = gsub(" ", "\\ ", path, fixed = TRUE)
# List of pathways, downloaded from MsigDB, absolute paths
psea_pathways <- c(paste0(getwd(), "/MsigDB_gmts_for_GSEA/c2.cp.kegg.v2023.1.Hs.symbols.gmt"), paste0(getwd(), "/MsigDB_gmts_for_GSEA/h.all.v2023.1.Hs.symbols.gmt"))
# make sure no spaces when calling cmd
psea_pathways = gsub(" ", "\\ ", psea_pathways, fixed = TRUE)
# change dir into PSEA directory
setwd(paste(path_to_cyclops_ordering,"downstream_output", "PSEA_files",sep = "/"))
Warning: The working directory was changed to /Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit/downstream_output/PSEA_files inside a notebook chunk. The working directory will be reset when the chunk is finished running. Use the knitr root.dir option in the setup chunk to change the working directory for notebook chunks.
#list PSEA input files (generated during cosinor regression/DR step)
psea_files = list.files(pattern = "*.txt")
#Save path to ordering as string for cleaning up call to system
path_to_cyclops_ordering_no_space = gsub(" ", "\\ ", path_to_cyclops_ordering, fixed = TRUE)
#dataframe where rows are arguments to system, I will apply system call across rows
arg_df = expand.grid(psea_files, psea_pathways) %>%
mutate(out_dirs = paste(str_extract(string = as.character(Var1), pattern= ".+(?=\\.txt)"), basename(as.character(Var2)) %>% str_extract(pattern= ".+(?=\\.gmt)")%>%
gsub(pattern = "\\.", replacement = ""), sep = "_") )
#apply system call, calling PSEA jar file, using rows of arg_df as arguments
apply(arg_df, 1, function(a){
system(paste0("java -jar ", path_no_space, "/PSEA_cmd.jar ",
paste0(path_to_cyclops_ordering_no_space,
"/downstream_output/PSEA_files/", a[[1]]), " ", a[[2]]," ",
paste0(path_to_cyclops_ordering_no_space,
"/downstream_output/PSEA_files/", a[[3]]), " 5 10000 pdf"))
})
Absolute Path to gene-acrophase file: /Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit//downstream_output/PSEA_files/PSEA_AD_cyclers_AR25BHQ1.txt
Absolute Path to gmt file: /Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/scROSMAP/Rscripts/automatic_downstream_analysis/MsigDB_gmts_for_GSEA/c2.cp.kegg.v2023.1.Hs.symbols.gmt
Absolute Path to output folder: /Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit//downstream_output/PSEA_files/PSEA_AD_cyclers_AR25BHQ1_c2cpkeggv20231Hssymbols
Min geneset size: 5
Max permutations: 10000
Using output img format: pdf
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Absolute Path to gene-acrophase file: /Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit//downstream_output/PSEA_files/PSEA_CTL_cyclers_AR25BHQ1.txt
Absolute Path to gmt file: /Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/scROSMAP/Rscripts/automatic_downstream_analysis/MsigDB_gmts_for_GSEA/c2.cp.kegg.v2023.1.Hs.symbols.gmt
Absolute Path to output folder: /Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit//downstream_output/PSEA_files/PSEA_CTL_cyclers_AR25BHQ1_c2cpkeggv20231Hssymbols
Min geneset size: 5
Max permutations: 10000
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Absolute Path to gene-acrophase file: /Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit//downstream_output/PSEA_files/PSEA_DR_AR25BHQ2_acrodiffs.txt
Absolute Path to gmt file: /Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/scROSMAP/Rscripts/automatic_downstream_analysis/MsigDB_gmts_for_GSEA/c2.cp.kegg.v2023.1.Hs.symbols.gmt
Absolute Path to output folder: /Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit//downstream_output/PSEA_files/PSEA_DR_AR25BHQ2_acrodiffs_c2cpkeggv20231Hssymbols
Min geneset size: 5
Max permutations: 10000
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Absolute Path to gene-acrophase file: /Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit//downstream_output/PSEA_files/PSEA_AD_cyclers_AR25BHQ1.txt
Absolute Path to gmt file: /Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/scROSMAP/Rscripts/automatic_downstream_analysis/MsigDB_gmts_for_GSEA/h.all.v2023.1.Hs.symbols.gmt
Absolute Path to output folder: /Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit//downstream_output/PSEA_files/PSEA_AD_cyclers_AR25BHQ1_hallv20231Hssymbols
Min geneset size: 5
Max permutations: 10000
Using output img format: pdf
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Absolute Path to gene-acrophase file: /Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit//downstream_output/PSEA_files/PSEA_CTL_cyclers_AR25BHQ1.txt
Absolute Path to gmt file: /Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/scROSMAP/Rscripts/automatic_downstream_analysis/MsigDB_gmts_for_GSEA/h.all.v2023.1.Hs.symbols.gmt
Absolute Path to output folder: /Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit//downstream_output/PSEA_files/PSEA_CTL_cyclers_AR25BHQ1_hallv20231Hssymbols
Min geneset size: 5
Max permutations: 10000
Using output img format: pdf
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Absolute Path to gene-acrophase file: /Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit//downstream_output/PSEA_files/PSEA_DR_AR25BHQ2_acrodiffs.txt
Absolute Path to gmt file: /Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/scROSMAP/Rscripts/automatic_downstream_analysis/MsigDB_gmts_for_GSEA/h.all.v2023.1.Hs.symbols.gmt
Absolute Path to output folder: /Users/henryhollis/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/human_data/Cyclops_folders/training_output/scROSMAP/cogdx_controls/wAD/ExcitatoryNeurons/TMMs_w_batch/Exc3and5_FiltByEdgeRDefault_fixedipBulkChenZhang_condAndBatchCovs_04ContrVar4EGdefault_noTransferFit//downstream_output/PSEA_files/PSEA_DR_AR25BHQ2_acrodiffs_hallv20231Hssymbols
Min geneset size: 5
Max permutations: 10000
Using output img format: pdf
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[1] 0 0 0 0 0 0
Now I search for transcription factors associated with my various gene lists, i.e, TF’s associated with genes that lose amplitude in AD, etc.
Write Files for Kegg Pathway Diagrams
Make sure you have downloaded syn32835854, syn21266449, and syn51389605. You can download programmatically with python or R synapse client. Make sure you specify the path to those downloads with proteiomics_file_path.
Plot Other Proteins
plot_list = c("BPNT1|O95861", "PPM1B|O75688", "BLVRA|P53004", "HDHD2|Q9H0R4")
proteiomics_file_path = "~/Box Sync/Henry_stuff/AD_project/scROSMAP/Proteomics/SynapseDownloads/"
tmt_filename = "2b.unlogged_relative_abundance-ROSMAP610.R1+R2-2xTAMPORcorrected.csv" #syn51389605
# tmt_filename = "3.Regressed(age.sex.PMI-noDxProtect)_cleanDat-7814x610-ROSMAP610_R1+R2(Uniprot2019multiconsensus).csv"
plot_prot(proteiomics_file_path, tmt_filename, path_to_rosmap_clin, path_to_cyclops_ordering, c("RPL10|P27635", "RPL32|P62910", "NDUFB1|O75438"), percentile = percentile)
fGSEA on proteomics